公司收取各地区代理费是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于代理关系的性质、合同约定以及是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 代理关系的合法性基础

• 合法代理：若公司与各地区代理商之间建立了合法的代理关系，并签订了书面代理合同，明确双方的权利义务（如代理范围、代理期限、代理费用及支付方式等），且代理行为符合《中华人民共和国民法典》中关于代理的规定（如代理人以被代理人名义实施法律行为，法律后果由被代理人承担），则收取代理费是合法的。
• 非法代理或传销：若公司以代理为名，实际要求代理商缴纳高额入门费、发展下线并以下线业绩作为返利依据，可能涉嫌非法传销或变相传销，违反《禁止传销条例》等相关法律法规，此时收取的“代理费”可能被认定为非法所得。

2. 合同约定的合法性

• 显失公平或欺诈：若代理合同中存在显失公平的条款（如代理商需承担过高风险而公司几乎无风险），或公司通过欺诈手段诱使代理商签订合同，则合同可能被撤销或认定为无效，此时收取代理费可能缺乏合法依据。
• 合法约定：若合同条款公平合理，双方自愿签订，且不违反法律、行政法规的强制性规定，则公司收取代理费是合法的。

3. 行业监管与合规性

• 特定行业限制：某些行业（如金融、保险、医疗等）对代理行为有特殊监管要求，公司需确保代理行为符合行业监管规定，否则可能面临行政处罚或法律责任。
• 税务合规：公司收取代理费需依法纳税，若未按规定申报纳税，可能涉嫌偷税漏税，面临税务机关的处罚。

4. 实际案例与风险提示

• 案例参考：实践中，因代理合同纠纷引发的诉讼屡见不鲜，法院通常根据合同约定、双方实际履行情况及法律规定综合判断代理费的合法性。例如，若代理商已实际开展代理业务且公司提供了相应支持，法院可能支持公司收取代理费；反之，若代理商未实际开展业务或公司未履行合同义务，法院可能判决返还代理费。
• 风险提示：建议公司在收取代理费前，确保代理关系合法、合同条款公平合理，并履行行业监管及税务合规义务；代理商在签订合同前，应仔细审查合同条款，避免陷入非法传销或显失公平的合同陷阱。

5. 建议与行动步骤

• 公司角度：
  1. 签订书面代理合同，明确双方权利义务；
  2. 确保代理行为符合行业监管要求；
  3. 依法纳税，避免税务风险；
  4. 定期审查代理关系，及时解决纠纷。
• 代理商角度：
  1. 仔细审查代理合同条款，避免显失公平或欺诈；
  2. 了解行业监管要求，确保代理行为合法；
  3. 保留相关证据（如合同、付款凭证、沟通记录等），以备维权之需。

若您对公司收取代理费的合法性仍有疑问，或涉及具体纠纷，可直接向我咨询，我将结合具体情况为您提供专业法律意见。