当员工离职时，其持有的股权处理是一个需要综合考虑多方面因素的问题，主要包括公司章程、股东协议、相关法律法规以及双方协商的结果。以下是对这一问题的详细解答：
一、依据公司章程处理
公司章程是公司运营的基本准则，其中通常会包含关于员工离职时股权处理的规定。这些规定可能包括：
强制回购：公司章程可能明确规定，离职员工的股权需由公司以特定价格（如上一年度经审计的每股净资产值）进行回购，以维护公司股权结构的稳定性。
限制转让：章程可能限制离职员工将股权转让给外部第三方，要求优先转让给公司或现有股东，并设定转让期限和优先购买权，以确保公司股权的内部流转。
二、遵循股东协议约定
除了公司章程，员工与公司之间可能还签订了股东协议或股权激励协议，这些协议中也会详细约定离职时股权的处理办法。这些约定可能包括：
分期回购：协议可能规定公司对离职员工股权进行分期回购，以减轻公司的资金压力。
业绩挂钩回购：根据员工在职期间的业绩表现确定回购价格或是否回购，体现股权激励与业绩挂钩的原则，激励员工在职期间积极工作。
三、适用法定规则
在无特别约定的情况下，离职员工依法享有股权转让的权利。这包括：
自由转让：离职员工可以选择将股权转让给其他股东或外部第三方。转让给其他股东需遵循公司法规定的程序；转让给外部第三人则需经过其他股东过半数同意，并在同等条件下保障其他股东的优先购买权。
继承或特殊情况处理：如果离职员工因死亡等特殊原因需要处理股权，其合法继承人可以依法继承股权，但这一继承过程同样受到公司章程的约束。
四、协商处理
当公司章程和股东协议无明确规定，且法定规则不能完全解决问题时，公司和离职员工应通过协商确定股权处理方式。这包括：
协商价格：双方可以根据公司实际经营情况、市场前景等因素协商确定股权转让价格，或者聘请评估机构进行评估，以确保价格的公平性和合理性。
协商转让方式：除了现金回购外，双方还可以协商以其他资产或权益进行交换，或者约定在一定条件成就时再进行股权处理，如公司业绩达到一定水平时。
五、特殊情形处理
对于特殊情形下的离职员工，如被开除的员工，公司可能有权按约定或法定规则强制转让其股权。价格可以通过协商或评估确定，以确保处理过程的公平性和合法性。
总结与建议
处理员工离职后的股权问题需要综合考虑多方面因素，确保处理方式的合法性和合理性。在实际操作中，建议首先查阅公司章程和股东协议的相关约定；若无特别约定，则遵循法定规则；在必要时，通过协商达成共识。整个处理过程应遵循公平、公正、合法的原则，充分保障双方的合法权益。如果涉及复杂的法律问题或产生争议，建议及时寻求专业律师的帮助，通过协商、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。