结论：政府要求清苗是否违法，需根据具体情况判断，包括开荒土地的性质、是否获得合法审批、政府要求清苗的依据和程序是否合法等。以下从不同角度进行分析：

一、开荒土地的性质与合法性

1. 土地性质：

   • 如果开荒的土地属于基本农田或生态保护红线内的土地，根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》等相关法律法规，这类土地是受到严格保护的，不得随意开垦或改变用途。在此情况下，政府要求清苗可能是合法的，因为开荒行为本身可能就违反了法律规定。
   • 如果开荒的土地属于未利用地或荒山、荒沟、荒丘、荒滩等“四荒”地，且符合当地土地利用总体规划和开垦条件，经过合法审批后开垦，那么政府要求清苗就需要有充分的法律依据和合理的理由。

2. 合法审批：

   • 开荒行为是否获得了相关部门的合法审批是关键。如果未经审批擅自开垦土地，政府有权要求停止开垦并恢复原状，包括清苗。
   • 如果已经获得了合法审批，但政府要求清苗的理由不充分或程序不合法，那么政府的行为可能构成违法。

二、政府要求清苗的依据和程序

1. 依据：

   • 政府要求清苗必须基于明确的法律依据，如土地管理法律法规、环保法律法规等。如果政府无法提供充分的法律依据，其要求清苗的行为可能构成违法。

2. 程序：

   • 政府在要求清苗时，必须遵循法定的程序，如事先通知、听取当事人陈述申辩、作出行政决定等。如果政府未遵循法定程序，其要求清苗的行为也可能构成违法。

三、可能的法律后果与救济途径

1. 法律后果：

   • 如果政府要求清苗的行为合法，且开荒者未按照要求执行，政府有权采取强制措施，如强制清苗、罚款等。
   • 如果政府要求清苗的行为违法，开荒者有权要求政府停止违法行为、赔偿损失等。

2. 救济途径：

   • 开荒者可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。在行政复议或行政诉讼过程中，开荒者需要提供充分的证据来证明政府要求清苗的行为违法。

四、具体建议

1. 核实土地性质与审批情况：

   • 开荒者应首先核实所开垦土地的性质和审批情况，以确定自己的开荒行为是否合法。

2. 了解政府要求清苗的依据和程序：

   • 开荒者应要求政府提供要求清苗的明确依据和合法程序，以评估政府行为的合法性。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果开荒者认为政府要求清苗的行为违法，且无法与政府协商解决，应及时寻求法律帮助，通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

总结：政府要求清苗是否违法，需根据具体情况判断。开荒者应核实土地性质与审批情况，了解政府要求清苗的依据和程序，并在必要时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。