核心结论：乙方在租甲方的土地上修建的厂房，在甲方收回土地时，赔偿问题需根据双方租赁合同约定、厂房建设性质及法律规定综合判断，具体分以下几种情况处理。

1. 若租赁合同中有明确约定
   若双方在租赁合同中已明确约定“土地收回时厂房的补偿方式”（例如：按评估价补偿、折价回购、无偿归甲方所有等），则应优先按合同约定执行。这是基于《民法典》第465条“依法成立的合同，受法律保护”的原则，合同条款对双方具有法律约束力。
   例外情形：若合同条款显失公平（如补偿标准远低于实际损失）或违反法律强制性规定（如要求乙方拆除厂房但未补偿拆除费用），乙方可主张调整或撤销条款。

2. 若合同未约定或约定不明
   需根据厂房建设性质区分处理：

   • 乙方经甲方同意建设：若乙方在租赁土地上修建厂房前已取得甲方书面同意（如补充协议、邮件、聊天记录等），且厂房属于“附合”于土地的建筑物（即拆除会破坏土地使用价值），根据《民法典》第322条“添附制度”，厂房所有权通常归甲方，但甲方需对乙方进行补偿。补偿范围包括：
     
     • 厂房建设成本（需提供发票、合同等证据）；
       
     • 厂房现值折旧（可通过评估机构确定）；
       
     • 若厂房用于生产经营，可能涉及停产停业损失补偿（需证明实际经营及损失金额）。
       
   • 乙方未经甲方同意建设：若乙方擅自建设厂房，甲方有权要求乙方拆除并恢复土地原状，且无需补偿。但若甲方明知乙方建设未制止，可能被推定为“默示同意”，此时仍需参考上述“经同意建设”的情形处理。

3. 特殊情形：土地被征收
   若甲方收回土地是因政府征收（如城市更新、公共利益需要），则补偿主体为政府，但甲方需将政府支付的“地上附着物补偿款”转付给乙方。补偿标准通常包括：

   • 厂房重置成新价（即重新建造同等厂房的费用）；
     搬迁费用（如设备拆卸、运输费用）；
     停产停业损失（需提供税务登记、财务报表等证明）。
     注意：若甲方与政府签订的征收补偿协议中未明确厂房补偿归属，乙方可通过诉讼主张权利。

建议行动：

1. 乙方应立即收集租赁合同、建设审批文件、付款凭证、评估报告等证据；
   
2. 与甲方协商补偿方案，若协商不成，可向法院起诉或申请仲裁（需看合同是否约定仲裁条款）；
   
3. 若涉及政府征收，及时向征收部门申报厂房补偿权益。
   

如有进一步细节（如合同条款、建设手续等），可直接向我咨询，我会结合具体证据为您制定维权方案。