结论：耕地转让土地使用权后，乙方用于建厂房，甲方是否需要赔偿取决于多个因素，包括转让协议的具体内容、乙方建厂房的合法性以及是否给甲方造成了实际损失等。以下从不同角度进行详细分析：
转让协议的具体内容：
- 如果转让协议中明确规定了土地使用权的转让范围、用途以及双方的权利义务，且乙方建厂房的行为违反了协议中的约定（如协议明确禁止改变土地用途），那么甲方有权要求乙方停止违约行为，并可能根据协议要求乙方承担违约责任，包括赔偿损失。
- 如果转让协议中未明确规定土地用途或允许乙方在一定范围内改变用途，且乙方建厂房的行为符合当地土地利用规划和相关法律法规的要求，那么甲方通常无权要求乙方赔偿，除非乙方的行为给甲方造成了其他实际损失。
乙方建厂房的合法性：
- 乙方在耕地上建厂房，必须首先确保该行为符合当地土地利用总体规划、城乡规划以及相关法律法规的要求。如果乙方未经批准擅自改变土地用途，属于违法行为，可能面临行政处罚，甚至被责令拆除厂房、恢复土地原状。
- 在这种情况下，如果甲方的权益受到侵害（如土地价值降低、无法继续耕种等），甲方有权要求乙方停止侵害、恢复原状，并赔偿因此造成的损失。
是否给甲方造成了实际损失：
- 无论乙方建厂房的行为是否合法，如果该行为给甲方造成了实际损失（如土地价值降低、农作物减产、无法继续使用土地等），甲方都有权要求乙方赔偿损失。
- 赔偿的范围应包括甲方因乙方行为而遭受的直接损失和间接损失，具体数额可根据实际情况进行评估和协商，或通过法律途径确定。
法律建议：
- 对于甲方而言，如果发现乙方在耕地上建厂房的行为可能违反转让协议或相关法律法规，应及时与乙方沟通协商，要求乙方停止违约行为或违法行为，并考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 对于乙方而言，在决定在耕地上建厂房前，应充分了解当地土地利用规划和相关法律法规的要求，确保自己的行为合法合规。同时，在签订转让协议时，应明确约定土地使用权的转让范围、用途以及双方的权利义务，以避免后续纠纷。
可能法律后果：
- 如果乙方建厂房的行为违法且给甲方造成了损失，乙方可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。
- 如果甲方未能及时维护自己的权益，可能导致损失进一步扩大或无法得到有效赔偿。
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