公司不让通过微信请假是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度明确规定了请假方式，且该制度合法有效：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若公司通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示或告知，其中明确规定了请假需通过特定方式（如书面申请、内部系统申请等）进行，且该规定不违反法律、行政法规及政策规定，不违背公序良俗，则该制度具有法律效力。在此情况下，公司不允许通过微信请假，是合法的。
   • 劳动者应对：劳动者应遵守公司规章制度，按照规定的请假方式提出申请。若因特殊情况无法按照规定方式请假，应及时与公司沟通，说明情况，并尽量提供其他证明材料。

2. 若公司规章制度未明确规定请假方式，或规定不明确：

   • 合法性分析：在缺乏明确规章制度的情况下，公司单方面限制劳动者通过微信请假可能缺乏合法依据。微信作为一种便捷的通讯工具，在紧急情况下或双方已形成通过微信沟通请假的习惯时，应视为有效的请假方式。当然，这并不意味着劳动者可以随意通过微信请假，仍需遵循诚实信用原则，确保请假的真实性和合理性。
   • 劳动者应对：劳动者可与公司协商，明确请假方式。若公司坚持不允许通过微信请假，且规章制度中无相关规定，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 特殊情况下的请假：

   • 紧急情况：如劳动者因突发疾病、意外事故等紧急情况无法按照规定方式请假，应及时通过微信、电话等方式向公司报告，并在事后补办请假手续。在此情况下，公司不应以未按规定方式请假为由拒绝批准或处罚劳动者。
   • 双方习惯：若双方已长期形成通过微信沟通请假的习惯，且公司未提出异议，可视为双方对请假方式达成了默示协议。在此情况下，公司突然禁止通过微信请假可能缺乏合理性。

建议与总结：

• 对劳动者：建议劳动者在入职时仔细阅读公司规章制度，了解请假方式等相关规定。在请假时，尽量按照规定方式提出申请，并保留好相关证据（如微信聊天记录、请假条等）。若因特殊情况无法按照规定方式请假，应及时与公司沟通并说明情况。
• 对公司：建议公司制定明确、合理的请假制度，并通过民主程序向劳动者公示或告知。在执行制度时，应保持灵活性，充分考虑劳动者的实际情况和合理需求。

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