结论：在合同未对国补未申请到后的责任方进行约定的情况下，剩余款项的承担问题，法院会根据具体案情，结合公平原则、过错原则以及合同的实际履行情况等因素进行综合判断，无法一概而论。不过，我可以从几个常见角度为你分析可能的判决情况。

1. 从公平原则角度分析：

   • 法院可能会考虑双方在合同签订及履行过程中的地位、贡献以及风险承受能力等因素，来判定剩余款项的承担。如果国补的申请与双方均有密切关系，且双方均未尽到充分的注意义务或协助义务，法院可能会根据公平原则，判决双方共同承担剩余款项或按一定比例分担。
   • 举例：假设甲乙双方签订了一份销售合同，约定甲方向乙方销售设备，并协助乙方申请国补。若合同未明确国补未申请到后的责任方，且国补的申请需要甲乙双方的共同努力（如甲方提供设备资料，乙方负责具体申请流程），则法院可能会根据双方在申请过程中的实际贡献和过错程度，判决双方共同承担或按比例分担剩余款项。

2. 从过错原则角度分析：

   • 如果国补未申请到是由于一方当事人的过错导致的，如一方未按时提供申请资料、提供虚假资料等，法院可能会判决过错方承担剩余款项的全部或主要部分。
   • 举例：在上述销售合同中，如果国补未申请到是因为甲方未按时提供设备资料导致的，那么法院可能会判决甲方承担剩余款项的全部或主要部分，因为甲方的过错直接导致了国补的无法申请。

3. 从合同实际履行情况角度分析：

   • 法院还会考虑合同的实际履行情况，包括双方是否已经按照合同约定履行了各自的义务、是否存在违约行为等。如果一方已经按照合同约定履行了大部分义务，而另一方因国补未申请到而拒绝支付剩余款项，法院可能会根据合同的实际履行情况，判决支付剩余款项或调整支付比例。
   • 举例：在销售合同中，如果甲方已经按照合同约定交付了设备，并提供了必要的协助，而乙方因国补未申请到而拒绝支付剩余款项，法院可能会考虑甲方的实际履行情况，判决乙方支付剩余款项或根据实际情况调整支付比例。

法律建议：

• 在签订合同时，双方应尽可能明确约定国补等政府补贴的申请、分配及未申请到后的责任承担等条款，以避免后续纠纷。
• 如果合同未明确约定，且双方对剩余款项的承担存在争议，建议及时咨询专业律师，通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷。
• 在处理此类纠纷时，应注重收集、保存相关证据，如合同、申请资料、沟通记录等，以便在诉讼或调解中证明自己的主张。

可能法律后果：

• 如果法院判决一方承担剩余款项的全部或主要部分，而该方拒绝履行判决，可能会面临强制执行、罚款、拘留等法律后果。
• 如果双方对判决结果均不满意，还可以依法提起上诉或申请再审，但需注意上诉或再审的期限和条件。

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