核心结论：补充协议条款约定包含其他合同款项时，法院的判决会依据协议的具体内容、双方的真实意思表示、合同目的及法律规定综合判定，具体可能包括以下几种情形：

1. 若补充协议条款明确且合法有效
   若补充协议中明确约定了包含其他合同款项的具体内容（如款项范围、支付方式、违约责任等），且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，法院通常会认定该条款有效，并据此判决双方履行相应义务。例如，若补充协议约定“原合同款项A、B及新增款项C均纳入本协议范围，按本协议条款执行”，法院会支持按补充协议履行。

2. 若补充协议条款存在歧义或约定不明
   若补充协议对“包含其他合同款项”的表述模糊（如未明确具体款项、范围或履行方式），导致双方对条款理解产生争议，法院会结合原合同内容、交易习惯、合同目的及诚实信用原则进行解释。若仍无法明确，可能根据《民法典》第510条、第511条的规定，按有利于实现合同目的的方式履行，或由法院酌情判决。

3. 若补充协议条款违反法律强制性规定或公序良俗
   若补充协议中包含的“其他合同款项”涉及非法内容（如赌博债务、高利贷等），或条款本身违反法律、行政法规的强制性规定（如免除自身法定责任、加重对方责任等），法院会认定该条款无效，并依据《民法典》第153条、第154条的规定，判决该部分内容不产生法律效力，双方仍按原合同或法律规定履行。

4. 若补充协议与原合同存在冲突
   若补充协议与原合同在“合同款项”问题上存在冲突（如补充协议扩大了原合同款项范围，但未明确是否替代原条款），法院会优先适用补充协议的约定，但需以补充协议是双方真实意思表示为前提。若补充协议未明确替代原条款，法院可能认定两者并存，按各自适用范围履行。

实务建议：

• 签订补充协议时，应明确约定“包含其他合同款项”的具体范围、履行方式及违约责任，避免模糊表述。
  
• 若涉及重大款项变更，建议双方对补充协议进行公证或律师见证，以增强证据效力。
  
• 发生争议时，应及时固定证据（如补充协议文本、沟通记录等），并咨询专业律师分析诉讼风险。
  

如有具体案件或协议文本需要分析，可直接向我提问，我将结合细节提供进一步解答。