结论：房贷已还清后发现借款合同章子有问题，是否追究取决于多个因素，包括章子问题的性质、是否影响合同效力、是否造成实际损失以及是否在诉讼时效内等。以下从不同角度为您详细分析：

一、章子问题的性质与合同效力

1. 章子为伪造或无效章：

   • 如果借款合同上的章子是伪造的或者属于无效章（如已被注销、未备案等），这可能影响到合同的法律效力。但需注意，合同效力并非仅由章子决定，还需考虑合同内容、双方真实意思表示等因素。
   • 法律建议：若怀疑章子问题，首先应确认章子的真实性及有效性。可通过向相关部门查询或委托专业机构进行鉴定。

2. 章子使用不当但合同内容真实：

   • 有时章子可能因使用不当（如非法定代表人或授权代表加盖）而存在问题，但合同内容本身是双方真实意思表示，且不违反法律法规强制性规定。
   • 法律建议：在此情况下，合同可能仍然有效。但为避免未来纠纷，建议与对方协商补正或确认合同效力，并保留相关证据。

二、是否造成实际损失

1. 未造成实际损失：

   • 如果章子问题并未导致您遭受任何实际损失（如未多支付利息、未承担额外费用等），则追究的意义可能不大。
   • 法律建议：在此情况下，可考虑与对方沟通，了解章子问题的原因，并视情况决定是否采取进一步行动。

2. 造成实际损失：

   • 如果章子问题导致您遭受了实际损失（如因章子无效而需重新签订合同并支付额外费用、因章子伪造而面临法律风险等），则您有权追究对方的责任。
   • 法律建议：在此情况下，应收集相关证据（如合同、付款凭证、鉴定报告等），并咨询专业律师，了解追究对方责任的具体途径和可能的结果。

三、诉讼时效问题

• 诉讼时效期间：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
• 法律建议：如果您决定追究对方的责任，请务必在诉讼时效期间内提起诉讼或采取其他法律措施。否则，您可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

四、后续行动建议

1. 与对方沟通：首先尝试与对方沟通，了解章子问题的原因，并协商解决方案。
2. 收集证据：如果沟通无果或您认为有必要追究对方责任，请立即开始收集相关证据。
3. 咨询律师：在采取任何法律行动之前，请务必咨询专业律师，了解您的权利和义务以及可能的结果。

总结：房贷已还清后发现借款合同章子有问题，是否追究需根据具体情况判断。如果您认为章子问题可能影响到您的权益或已造成实际损失，请及时与对方沟通并咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。