结论：员工在特定条件下可以向法庭申请撤销违法签订的合同，但需结合当前案件的具体情况来判断。
分析：
合同撤销的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果合同是在违背真实意思的情况下签订的，或者合同内容存在违法情形，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该合同。这为员工申请撤销违法签订的合同提供了法律依据。
当前案件的具体情况：
- 公司仲裁败诉后上诉到法庭，且两个多月未判决，这表明案件正在审理过程中。在此阶段，员工是否可以申请撤销合同，取决于合同的具体违法情形以及员工是否能在法庭审理过程中提出充分的证据来支持其撤销合同的请求。
- 如果员工能够证明合同是在违背其真实意思的情况下签订的，或者合同内容存在违法情形（如违反法律法规的强制性规定、损害社会公共利益等），那么员工有权向法庭申请撤销该合同。
申请撤销合同的时机与程序：
- 员工应在法庭审理过程中，适时提出撤销合同的请求，并提交相关证据来支持其主张。
- 撤销合同的请求通常作为反诉或抗辩的一部分提出，具体程序需遵循法庭的指示和诉讼规则。
可能的法律后果：
- 如果法庭支持员工的撤销合同请求，那么合同将被视为自始无效，双方应恢复至合同签订前的状态。
- 如果法庭驳回员工的撤销合同请求，那么合同将继续有效，员工需履行合同约定的义务。
建议：
- 收集证据：员工应积极收集能够证明合同违法或违背其真实意思的证据，如合同文本、签订过程中的沟通记录、相关法律法规等。
- 咨询专业律师：虽然我可以为你提供法律咨询，但在具体案件中，咨询一位专注于合同纠纷领域的专业律师将更为有益。律师可以根据案件的具体情况，为你提供更详细的法律建议和诉讼策略。
- 关注法庭审理进程：员工应密切关注法庭的审理进程，及时了解案件的最新动态，并根据法庭的指示和诉讼规则，适时提出撤销合同的请求。
额外思考：
- 在申请撤销合同的同时，员工还可以考虑是否要求公司承担因合同违法或违背真实意思而给其造成的损失。这通常需要根据案件的具体情况和相关法律法规来判断。
- 如果员工对法庭的判决结果不满，还可以在法定期限内提起上诉或申请再审，以维护自己的合法权益。
总之，员工在特定条件下可以向法庭申请撤销违法签订的合同，但需结合当前案件的具体情况来判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。