结论：员工在公司纪检调查期间生病，其处理方式需根据具体情况来定，但核心原则是保障员工的合法权益，同时遵循公司的规章制度和法律法规。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、员工权益保障角度
医疗期与病假：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，企业应根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。
- 在医疗期内，员工享有病假工资或疾病救济费，且企业不得随意解除劳动合同。
- 建议：员工应及时向公司提交病假申请，并提供医疗证明，以便公司了解其病情并安排相应的工作调整或病假。
工伤认定可能性：
- 如果员工生病与纪检调查工作有直接关联，例如因调查工作导致的精神压力过大而引发疾病，理论上存在被认定为工伤的可能性（但这种情况较为特殊，需具体分析）。
- 建议：员工或其家属可咨询专业律师，评估是否构成工伤，并准备相关证据材料，以便在必要时申请工伤认定。
二、公司规章制度与流程角度
遵守公司规定：
- 员工应遵守公司的规章制度，包括病假申请流程、医疗期管理规定等。
- 建议：员工在生病期间，应按照公司规定提交病假申请，并配合公司完成相关手续。
纪检调查配合：
- 如果员工生病不影响其配合纪检调查的能力（如提供书面材料、接受询问等），员工应继续配合调查工作。
- 建议：员工可与公司纪检部门沟通，说明病情及影响，协商合理的调查方式和时间安排。
三、法律责任与风险防范角度
公司责任：
- 公司应依法保障员工的医疗期权益，不得因员工生病而随意解除劳动合同或降低工资待遇。
- 建议：公司应完善内部规章制度，明确医疗期管理、病假申请等流程，避免法律风险。
员工责任：
- 员工应如实提供医疗证明，不得虚构病情或滥用病假。
- 建议：员工应保留好医疗证明等相关证据材料，以备不时之需。
四、实际操作建议
- 及时沟通：员工生病后，应及时与公司人力资源部门或纪检部门沟通，说明病情及影响，以便公司安排相应的工作调整或病假。
- 准备证据：员工应准备医疗证明等相关证据材料，以证明其病情及需要停止工作医疗的事实。
- 咨询律师：如果员工对公司的处理方式有疑问或不满，或认为自己的权益受到侵害，可咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。
总结：员工在公司纪检调查期间生病，应首先关注自己的身体健康，及时就医并保留好医疗证明。同时，员工应遵守公司的规章制度，配合纪检调查工作（如不影响的话），并依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。