在县内运输卷烟时，如果未按照法律规定办理相关手续，特别是未取得烟草专卖准运证，一旦被相关部门查获，将会面临严重的法律后果。

首先，需要明确的是，国家对烟草专卖品的生产、销售、运输实行严格的专卖管理，并实施烟草专卖许可证制度。这意味着，任何单位或个人在未经烟草专卖行政主管部门许可的情况下，不得擅自进行烟草专卖品的运输活动。

对于无证运输卷烟的行为，如果情节较轻，可能会受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等。然而，如果情节严重，如运输的卷烟数量较大、价值较高，或者存在走私、贩卖等违法行为，那么就可能涉嫌非法经营罪，面临刑事处罚。

以您提供的案例为例，苏某、梁某甲、梁某乙三人因无证运输走私卷烟，被北流市公安局民警和北流市烟草专卖局执法人员当场查获。他们不仅被没收了违法所得的卷烟，还因构成非法经营罪被法院判处有期徒刑，并处罚金。这一案例充分说明了无证运输卷烟的严重后果。

因此，我强烈建议您在运输卷烟前，务必了解并遵守相关法律法规，确保已经取得了烟草专卖准运证等必要的许可证明。同时，也要确保所运输的卷烟来源合法，避免涉及走私、贩卖等违法行为。只有这样，才能确保您的运输活动合法合规，避免不必要的法律风险。