在打架案件中，若双方口供不一致，司法机关会通过以下方式处理，以确保案件处理的公正性和准确性：

1. 全面收集证据：司法机关不会仅依赖双方口供，而是会积极收集其他证据，如现场监控录像、目击者证言、伤情鉴定报告、物证（如打斗时使用的工具）等。这些证据将作为判断案件事实的重要依据。
2. 审查口供的合理性：司法机关会仔细审查双方口供的内容，分析其是否符合常理、逻辑以及现场情况。如果某一方口供存在明显矛盾或不合理之处，其可信度将会降低。
3. 交叉询问与质证：在庭审过程中，双方律师或检察官会对对方当事人的口供进行交叉询问，以揭示其可能存在的虚假或矛盾之处。同时，双方也有机会对对方提出的证据进行质证，提出异议或反驳。
4. 综合判断与裁决：在全面收集证据、审查口供合理性以及进行交叉询问与质证后，司法机关会综合所有证据和事实，依据法律规定作出裁决。如果双方口供仍然无法达成一致，但其他证据足以证明案件事实，司法机关将依据其他证据作出裁决。

特殊情况处理：

• 若一方承认违法事实：如果其中一方在口供中承认了违法事实，但另一方否认，司法机关会结合其他证据进行审查。如果承认方的口供与其他证据相互印证，且没有合理理由怀疑其真实性，司法机关可能会采纳其口供作为定案依据。
• 若双方均否认违法事实：如果双方均否认违法事实，但其他证据（如现场监控录像、目击者证言等）足以证明案件事实，司法机关将依据其他证据作出裁决。
• 若证据不足：如果双方口供不一致，且其他证据也无法充分证明案件事实，司法机关可能会根据“疑罪从无”的原则，作出对被告人有利的裁决。

在处理打架案件时，如果双方口供不一致，不必过于担心。司法机关会通过全面收集证据、审查口供合理性、交叉询问与质证以及综合判断与裁决等方式，确保案件处理的公正性和准确性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。