在个人与公司之间的合同纠纷中，若公司已经注销，被告的确定和案由的选择需根据具体情况来分析：
被告的确定
公司注销后的责任承担主体：
- 一般情况下，公司注销意味着其法人资格的消灭，因此，原则上公司注销后不能再作为被告。
- 但是，如果公司在注销前未依法进行清算，或者清算过程中存在违法行为（如未通知债权人、隐匿财产等），导致债权人利益受损的，债权人可以要求公司的股东、董事、控股股东等责任主体承担赔偿责任。这些责任主体在特定情况下可能成为被告。
具体情形分析：
- 若公司已依法清算并注销：此时，公司法人资格已消灭，通常无法再作为被告。但如果清算过程中存在遗漏债务或未通知债权人的情况，债权人可能需通过其他途径（如起诉清算组成员）来维护自身权益。
- 若公司未依法清算即注销：根据《公司法》及相关司法解释，债权人可以要求公司的股东、董事等责任主体承担清偿责任。这些责任主体在诉讼中可能成为被告。
案由的选择
在个人与公司之间的合同纠纷中，即使公司已经注销，案由仍然可以根据原合同纠纷的性质来确定。常见的案由包括：
- 买卖合同纠纷：如果纠纷涉及买卖合同的履行、违约等，案由可以确定为买卖合同纠纷。
- 借款合同纠纷：如果纠纷涉及借款合同的还款、利息支付等，案由可以确定为借款合同纠纷。
- 服务合同纠纷：如果纠纷涉及服务合同的提供、质量、费用等，案由可以确定为服务合同纠纷。
- 其他合同纠纷：根据具体合同类型，还可以选择其他相应的案由，如租赁合同纠纷、承揽合同纠纷等。
实际操作建议
- 收集证据：在提起诉讼前，务必收集好与合同纠纷相关的所有证据，包括合同文本、交易记录、沟通记录等。
- 确定被告：根据公司注销的具体情况，确定可能的被告主体，并了解其基本情况和财产状况。
- 选择案由：根据原合同纠纷的性质，选择合适的案由进行起诉。
- 咨询专业律师：由于合同纠纷可能涉及复杂的法律问题和证据收集，建议在提起诉讼前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
若你在此类纠纷中遇到任何问题，或有其他法律疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。