结论：电子合同中通过微信转账支付利息的合法性，需结合电子合同的效力、利息约定是否合法以及转账行为的性质来综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、电子合同的效力
电子合同的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条，当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。
- 因此，电子合同作为书面形式的一种，只要满足合同成立的要件（如双方意思表示真实、内容合法等），即具有法律效力。
微信转账作为支付方式的合法性：
- 微信转账作为一种电子支付方式，其本质是资金转移的行为。在电子合同中，双方可以约定使用微信转账作为支付利息的方式，只要该约定不违反法律法规的强制性规定，即具有合法性。
二、利息约定的合法性
利率限制：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借贷双方约定的利率未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的，出借人请求借款人按照约定的利率支付利息的，人民法院应予支持。
- 因此，如果电子合同中约定的利息利率超过上述限制，则超出部分的利息约定可能被认定为无效。
利息支付方式：
- 利息的支付方式可以由双方约定，包括但不限于现金、银行转账、微信转账等。只要支付方式合法且双方认可，即具有合法性。
三、微信转账支付利息的具体分析
转账行为的性质：
- 微信转账支付利息，实质上是借款人按照合同约定向出借人履行支付利息义务的行为。只要该行为符合合同约定且不违反法律法规的强制性规定，即具有合法性。
证据留存：
- 在使用微信转账支付利息时，建议双方保留好转账记录、聊天记录等证据，以证明转账行为的性质、金额及时间等关键信息。这些证据在发生纠纷时将起到重要的证明作用。
四、可能存在的法律风险及建议
法律风险：
- 如果电子合同本身存在无效情形（如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同等），则微信转账支付利息的行为也可能受到影响。
- 如果利息约定超过法定利率限制，超出部分的利息可能无法得到法律保护。
建议：
- 在订立电子合同时，确保合同内容合法、真实且双方意思表示一致。
- 明确约定利息的利率、支付方式及时间等关键信息，并保留好相关证据。
- 如发生纠纷，及时咨询专业律师并寻求法律帮助。
总结：电子合同中通过微信转账支付利息的合法性取决于多个因素，包括电子合同的效力、利息约定的合法性以及转账行为的性质等。在符合法律法规和合同约定的情况下，该行为具有合法性。但为避免潜在的法律风险，建议双方在订立合同时明确约定相关条款并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。