被告在同居关系结束后选择分居是可行的，但需根据具体情况判断其法律效果及后续影响。以下从不同角度进行分析：

1. 同居关系的法律性质
   同居关系本身不受《民法典》婚姻家庭编调整，双方未办理结婚登记的，不享有夫妻间的权利义务。因此，分居行为无需履行法定程序（如离婚登记或诉讼），双方可自行协商或单方决定终止共同生活状态。但需注意：

   • 若涉及财产混同（如共同购置房产、存款），分居时需明确财产分割协议，避免后续纠纷；
     
   • 若存在非婚生子女，分居不影响父母对子女的抚养义务，需协商或通过法院确定抚养权及抚养费。

2. 分居对同居期间债务的影响
   根据《民法典》及相关司法解释，同居期间为共同生产、生活形成的债务，可能被认定为共同债务。分居后，若债权人主张权利，双方仍可能需承担连带责任，除非能证明债务未用于共同生活。建议：

   • 分居时梳理共同债务清单，与债权人协商债务承担方式；
     
   • 保留债务用途证据（如转账记录、消费凭证），以备争议时举证。

3. 分居与事实婚姻的认定
   若同居关系始于1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施前，且符合“以夫妻名义共同生活”等条件，可能被认定为事实婚姻。此时分居需通过离婚程序解除关系，否则可能面临：

   • 对方主张离婚并分割财产、子女抚养权；
     
   • 重复结婚时构成重婚罪的风险（若未解除事实婚姻又登记结婚）。

4. 分居期间的权益保护建议

   • 财产保护：签订书面分居协议，明确财产归属及债务承担；对共同财产进行公证或第三方见证。
     
   • 子女抚养：协商确定抚养方案，保留抚养费支付记录；若协商不成，可起诉至法院要求判决。
     
   • 证据留存：保存分居事实证据（如租房合同、水电费账单、证人证言），以备后续诉讼使用。

行动建议：若您面临同居分居纠纷，建议根据具体情况采取以下措施：

1. 梳理同居期间的财产、债务及子女情况；
   
2. 与对方协商签订分居协议，明确权利义务；
   
3. 若协商不成或涉及复杂法律问题，可直接向我咨询，我将结合证据为您制定解决方案。