结论前置：停工留薪期只发基本工资，在多数情况下是不合法的。员工在停工留薪期内应享受与原来相同的工资待遇，这包括基本工资以及奖金、津贴、补贴等各项福利。
详细分析：
法律依据：
根据《工伤保险条例》的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”是一个综合性的概念，它涵盖了职工在正常出勤状态下所能获得的全部收入，包括但不限于基本工资、奖金、津贴、补贴等。
工资构成分析：
- 如果员工的工资结构仅仅包含基本工资，没有其他形式的津贴、奖金等额外收入，那么在停工留薪期间，单位只需支付这部分基本工资即可视为合法。
- 然而，在实际工作中，大多数员工的工资构成往往更加复杂，除了基本工资外，还包括了各种形式的津贴、奖金等。在这种情况下，单位若仅支付基本工资而忽略了其他部分的收入，则显然违反了《工伤保险条例》的相关规定。
员工权益保护：
- 员工在停工留薪期内应确保自己获得与受伤前完全一致的工资待遇，这是其合法权益。
- 如果用人单位未能按照这一标准支付工资，员工首先可以尝试与单位进行沟通协商，要求其按照规定支付全额工资。
- 若协商无果，员工有权向当地的劳动监察部门进行投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于员工而言，如果发现单位在停工留薪期仅支付基本工资，应首先与单位进行沟通，明确表达自己的诉求和依据。
- 如果沟通无果，员工可以收集相关证据，如工资条、劳动合同、工伤认定书等，向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在整个过程中，员工应保持冷静和理性，依法维护自己的权益，避免采取过激行为。
可能后果：
- 如果单位违反规定，仅支付基本工资而忽略其他福利待遇，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 同时，单位还可能因未依法支付工资而承担劳动仲裁或诉讼的风险，包括支付拖欠的工资、经济补偿金等。
综上所述，停工留薪期只发基本工资在大多数情况下是不合法的。员工应确保自己获得与原来相同的工资待遇，并在必要时采取法律措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。