在机动车与非机动车交通事故中，若机动车被认定承担次要责任、非机动车承担主要责任，车辆修理费保险公司赔付后是否可追偿需分情况讨论：

1. 保险公司赔付后一般无权向非机动车方追偿
   根据《道路交通安全法》第76条，机动车与非机动车发生事故时，即使机动车无过错也需承担不超过10%的赔偿责任。若机动车已投保交强险和商业险，保险公司赔付后通常不得向非机动车方追偿。这是因为法律对非机动车方存在倾斜保护，且机动车方可通过保险分散风险。

2. 例外情形：非机动车方存在故意或重大过失
   若非机动车方存在故意碰撞机动车（如“碰瓷”）或严重违反交通规则（如醉酒驾驶、闯红灯）等重大过失行为，保险公司赔付后可能依据《保险法》第60条行使代位求偿权，向非机动车方追偿。但需注意：

   • 需证明非机动车方存在故意或重大过失；
     
   • 追偿范围仅限于机动车方实际承担的赔偿责任部分（如超出交强险限额的商业险赔付部分）。

3. 实务建议

   • 机动车方：及时报警并保留事故认定书、现场照片等证据；若对责任划分有异议，应在3日内申请复核；修理车辆前建议与保险公司定损，避免后续纠纷。
     
   • 非机动车方：若被认定主要责任，可能需承担机动车方超出保险赔付部分的损失（如车辆贬值费、停运损失等），建议主动协商或通过调解解决。

总结：保险公司赔付后原则上不得追偿，但非机动车方存在故意或重大过失时可能例外。具体需结合事故细节和证据综合判断，如有疑问可进一步提供材料为您分析。