当机动车与非机动车发生交通事故，且机动车被判定为主要责任方，非机动车为次要责任方时，赔偿的流程和原则通常遵循以下步骤：
一、赔偿原则
责任比例：
- 机动车主要责任方通常承担总赔偿金额的70%至80%（具体比例可能因地区或具体案件而有所调整，但常见的是70%或80%）。
- 非机动车次要责任方则承担剩余的20%至30%。
法律依据：
- 根据《道路交通安全法》第七十六条，机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足的部分，按照各自过错的比例分担责任。
二、赔偿流程
交强险赔偿：
- 首先，由机动车一方的交强险在责任限额内进行赔偿。这包括对非机动车一方的人身伤害（如医疗费、护理费、交通费等）和财产损失（如车辆维修费）的赔偿。
商业险赔偿：
- 如果交强险的赔偿限额不足以覆盖全部损失，且机动车一方投保了商业三者险，那么剩余的损失将由商业三者险在合同约定的范围内进行赔偿。
责任方分担：
- 如果交强险和商业险的赔偿总额仍然不足以覆盖全部损失，那么剩余的损失将按照责任比例由机动车和非机动车双方分担。即机动车主要责任方承担70%至80%，非机动车次要责任方承担20%至30%。
三、具体赔偿项目
赔偿项目通常包括但不限于：
- 医疗费：因事故导致的人身伤害治疗费用。
- 护理费：因事故导致的人身伤害需要护理的费用。
- 交通费：因事故导致的就医、转院等交通费用。
- 误工费：因事故导致的人身伤害无法工作而减少的收入。
- 残疾赔偿金：如果事故导致残疾，需要支付的残疾赔偿金。
- 死亡赔偿金：如果事故导致死亡，需要支付的死亡赔偿金。
- 财产损失：包括车辆维修费、物品损失费等。
四、注意事项
责任认定书：
- 赔偿的具体比例和金额应以交通管理部门出具的《交通事故责任认定书》为准。
及时报案：
- 发生事故后，应及时向保险公司报案，并按照保险公司的要求提供相关证据和资料。
协商与诉讼：
- 如果双方对赔偿金额有争议，可以先尝试协商解决；如果协商不成，可以通过法律途径解决。
综上所述，当机动车与非机动车发生交通事故且机动车为主要责任方时，赔偿应遵循责任比例原则，并先由交强险在责任限额内赔偿，不足部分由商业险赔偿，再不足则由双方按责任比例分担。具体赔偿项目和金额应以《交通事故责任认定书》为准。