在交通事故中，当机动车被认定为次要责任，而非机动车为主要责任时，关于修理费的承担问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、交强险的赔偿
首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车发生交通事故造成财产损失的，首先由保险公司在机动车第三者责任强制保险（即交强险）责任限额范围内予以赔偿。对于非机动车的车辆损失，如果机动车一方有责任（无论是主要责任还是次要责任），交强险都会在其财产损失赔偿限额内（通常为2000元）进行赔偿。这部分赔偿是由机动车一方的交强险承保公司直接赔付给非机动车方或用于修复非机动车的。
二、商业保险的赔偿
如果交强险的赔偿不足以覆盖非机动车的全部修理费用，那么接下来会考虑机动车一方是否投保了商业车损险等商业保险。如果投保了，交强险赔偿不足的部分可以由商业保险按照保险合同的约定进行赔偿。保险公司会根据车辆损失情况、免赔额等因素来确定最终的赔付金额。
三、按责任比例分担
在交强险和商业保险赔偿之后，如果仍有不足部分，那么这部分费用就需要根据事故责任认定书确定的责任比例来分担。在这个案例中，非机动车被认定为主要责任，机动车为次要责任。因此，对于超出交强险和商业保险赔偿范围的部分，非机动车方需要按照其责任比例（通常是70%或更高，具体根据地区司法实践）来承担修理费用，而机动车方则按照其责任比例（如30%）来承担。但这里的“承担”并不意味着机动车方需要直接支付给非机动车方，而是指在最终的费用结算中，机动车方需要承担其应负的部分。
关于“保险公司承担后再代为偿还”的问题：
实际上，这个过程并不是“保险公司承担后再代为偿还”。而是保险公司根据保险合同和法律规定，在交强险和商业保险的范围内进行赔偿。如果赔偿后仍有不足，那么这部分不足部分才由事故双方按照责任比例来分担。机动车方承担的部分，如果是通过其自己的保险来覆盖的（如商业车损险），那么保险公司会直接赔付给机动车方或用于修复机动车；如果是需要机动车方自行承担的，那么机动车方就需要自己支付这部分费用。
四、综合建议
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。