在租赁合同中约定“商铺租金不含税”是一个涉及法律、税务及双方权益的重要条款。以下是对此问题的详细解答，旨在帮助您清晰理解并合理操作：

一、法律效力与约定有效性

首先，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人有权自愿订立合同，并约定合同内容。因此，在租赁合同中明确“租金不含税”这一条款，在不违反法律法规强制性规定且不违背公序良俗的前提下，通常是具有法律效力的。但关键在于，这种约定不能成为逃避法定纳税义务的手段。如果双方试图通过隐瞒真实交易金额来少缴税款，那么这种约定将被视为无效，税务机关有权进行税收调整、追缴税款，并对责任人进行处罚。

二、税务责任与纳税义务

1. 房东的纳税义务：

   • 房东作为出租方，无论租金是否含税，都负有依法纳税的义务。这包括但不限于增值税、房产税、个人所得税等。
   • 例如，个人出租住房时，应按照规定的征收率计算缴纳增值税（月租金收入不超过一定额度的可能免征），并对所得按一定税率征收个人所得税。

2. 租户的税务责任：

   • 虽然合同约定租金不含税，但租户在某些情况下可能需要协助税务机关进行税收征管或代扣代缴相关税款。这通常发生在房东未履行纳税义务，且法律明确规定租户有此义务的情况下。

三、实际风险与应对措施

1. 对租户的风险：

   • 租户需自行关注并了解相关税费情况，确保不会因房东未纳税而面临税务局的追缴和罚款。
   • 如果房东因税务问题导致租赁房屋被查封、扣押，租户可能无法正常使用房屋，影响经营。
   • 应对措施：在签订合同时，应明确约定税费的分担方式，并要求房东提供纳税证明或承诺依法纳税。

2. 对房东的风险：

   • 逃避纳税义务的约定可能被认定无效，房东仍需承担纳税责任及可能的税务处罚。
   • 因税务问题引发的纠纷可能导致房东承担违约责任，影响商业信誉和租赁关系的稳定性。
   • 应对措施：房东应依法履行纳税义务，并在合同中明确约定税费分担方式，以避免后续纠纷。

四、建议与总结

1. 明确约定税费分担：在签订租赁合同时，双方应明确约定税费的分担方式，包括哪些税费由房东承担，哪些由租户承担，或者是否完全由一方承担。

2. 审查合同条款：租户在签订合同前应仔细阅读合同条款，特别是关于税费分担的部分，确保了解自身需承担的税务责任。

3. 依法履约：房东应依法履行纳税义务，确保租赁关系的稳定性和合法性。租户也应按照合同约定履行自己的义务，共同维护良好的租赁关系。

4. 咨询专业人士：如果双方对税务问题存在疑问或不确定如何约定税费分担方式，建议咨询专业的税务顾问或律师，以确保合同条款的合法性和有效性。

综上所述，在租赁合同中约定“商铺租金不含税”是可行的，但双方需明确税费分担方式，并确保该约定符合法律法规的要求。通过明确约定和依法履约，双方可以共同维护良好的租赁关系，避免不必要的法律纠纷和经济损失。