结论：店长直接在发工资日子扣回员工欠的6500元，这一行为是否合法，需分情况讨论，一般情况下，若未经员工同意或未依据合法有效的规章制度，店长直接扣款是不合法的。
分析说明：
员工同意情况：
- 如果员工事先明确同意店长在发工资时直接扣除欠款，并且这种同意是自愿、真实且合法的，那么店长扣款的行为可以视为得到了员工的授权，此时扣款行为是合法的。但这种情况较为特殊，且需要员工有明确的书面或可证明的口头同意。
未经员工同意或规章制度依据：
- 未经同意：若店长未经员工同意，直接在发工资时扣除欠款，这通常构成对员工工资的非法克扣。根据《劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 规章制度依据：即使公司有规章制度规定员工欠款可以从工资中扣除，也需要确保该规章制度是合法有效的，即已经过民主程序制定、公示或告知员工，并且内容不违反法律法规的强制性规定。如果规章制度不合法或未告知员工，店长依据该规章制度扣款也是不合法的。
合法扣款的途径：
- 如果店长认为员工欠款需要追回，应当通过合法途径进行，如与员工协商、通过劳动仲裁或诉讼等方式解决。在未经员工同意或未依据合法有效的规章制度的情况下，店长不得直接扣款。
法律后果：
- 如果店长非法扣款，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求店长返还被扣的工资，并可能要求支付赔偿金。
- 店长还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
建议：
- 对于店长而言，应当尊重员工的合法权益，避免非法扣款。如果员工欠款，应当通过合法途径解决，如与员工协商制定还款计划、通过法律途径追讨等。
- 对于员工而言，如果发现店长非法扣款，应当及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
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