结论前置：店员欠店长钱，店长不可以直接在给店员开工资的时候扣下。这种行为在法律上可能构成对劳动者工资权益的侵犯，除非符合特定的法定条件或双方有明确的约定。
法律背景与解释：
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位（包括店长作为雇主的情况，如果店长与店员之间构成劳动关系）有义务按时足额支付劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，是劳动者的基本生活来源，受到法律的严格保护。
债务抵销的限制：
- 虽然从民事法律关系的角度看，如果店员确实欠店长钱，店长作为债权人有权要求店员偿还债务。但是，这种债务的抵销或偿还，并不能直接通过扣减工资的方式来实现，除非双方有明确的约定，并且这种约定不违反法律的强制性规定。
- 在劳动关系中，工资的支付是法定的，用人单位不得随意克扣或拖欠。即使店员欠店长钱，店长也不能单方面决定扣减店员的工资来抵销债务。
合法途径：
- 如果店长认为店员欠其钱款，并且希望追回这笔款项，应该通过合法的途径来解决，比如与店员协商、提起民事诉讼或申请仲裁等。在协商或诉讼过程中，双方可以就债务的偿还方式、期限等达成协议或接受法院的判决。
法律建议：
- 对于店长：如果店员确实欠你钱，建议你与店员进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，你可以考虑通过法律途径来追回欠款，而不是直接扣减店员的工资。
- 对于店员：如果你确实欠店长钱，并且收到了店长的还款要求，建议你积极与店长沟通，尽快偿还欠款。如果店长采取了不合理的扣减工资等行为，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
可能的法律后果：
- 如果店长未经店员同意，擅自扣减店员的工资来抵销债务，可能构成对店员工资权益的侵犯。店员有权向当地的劳动监察部门投诉，要求店长补发被扣减的工资，并可能要求店长承担相应的法律责任。
总之，店长不可以直接在给店员开工资的时候扣下欠款。双方应该通过合法的途径来解决债务问题，以维护各自的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。