发包人通常不可以单纯以工程款被协助执行为由进行抗辩，但具体情况需结合实际分析。以下从不同角度为你详细阐述：
从合同相对性及抗辩权行使的角度
在建设工程合同关系中，发包人与承包人之间存在明确的合同关系，发包人负有按照合同约定支付工程款的义务。而协助执行是司法机关在执行程序中，要求有关单位或个人协助完成执行任务的一种法律制度。当工程款被协助执行时，这通常是基于承包人与其他债权人之间的债权债务关系，司法机关要求发包人协助将应付给承包人的工程款支付给申请执行的债权人。
从合同相对性原则来看，发包人与承包人之间的合同权利义务关系，原则上不受承包人与其他第三方关系的影响。发包人不能因为工程款被协助执行，就拒绝履行其对承包人支付工程款的合同义务。也就是说，发包人单纯以工程款被协助执行为由，主张不支付工程款，在合同层面缺乏合法依据，一般不能构成有效的抗辩。
例如，发包人与承包人签订了一份建设工程合同，约定工程完工后发包人支付工程款 100 万元。在工程完工后，承包人因其他债务纠纷被法院判决向债权人支付 80 万元，法院向发包人发出协助执行通知书，要求发包人将应付给承包人的 80 万元工程款直接支付给该债权人。此时，发包人不能以工程款被协助执行为由，拒绝向承包人支付剩余的 20 万元工程款，因为这 20 万元是发包人基于合同对承包人应履行的义务。
从协助执行义务与合同义务冲突的角度
虽然发包人不能单纯以工程款被协助执行为由抗辩不支付工程款，但在某些特殊情况下，可能会存在协助执行义务与合同义务的冲突。如果协助执行的金额超过了发包人实际应支付给承包人的工程款金额，或者协助执行导致发包人面临重大经济损失等不合理情况时，发包人可以依法提出异议。
根据相关法律规定，发包人对协助执行通知书内容有异议的，可以向执行法院提出书面异议。执行法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定撤销或者改正；理由不成立的，裁定驳回。发包人对裁定不服的，可以自裁定送达之日起十日内向上一级人民法院申请复议。
例如，发包人与承包人约定的工程款为 100 万元，但承包人尚未完成全部工程，实际应支付的工程款只有 80 万元。此时法院发出协助执行通知书，要求发包人支付 100 万元工程款给申请执行的债权人。发包人就可以向执行法院提出异议，说明实际应支付的工程款金额，要求法院撤销或改正协助执行通知书。
从发包人可能承担的法律责任角度
如果发包人无正当理由拒绝履行协助执行义务，可能会面临一系列法律责任。根据《民事诉讼法》等相关法律规定，有关单位接到人民法院协助执行通知书后，拒不协助查询、扣押、冻结、划拨、变价财产的，人民法院除责令其履行协助义务外，并可以予以罚款；对仍不履行协助义务的，可以予以拘留；并可以向监察机关或者有关机关提出予以纪律处分的司法建议。
同时，如果发包人拒绝支付工程款的行为给承包人造成了损失，承包人还可以依据建设工程合同，要求发包人承担违约责任，赔偿因其违约行为给承包人造成的损失，包括但不限于工程款的利息、因停工造成的损失等。
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