在综合执法局处罚违规建筑并委托第三方评估公司进行鉴定的情况下，鉴定费的承担问题通常取决于具体的法律法规、地方政策以及案件的具体情况。以下是从不同角度进行的分析：

1. 法律法规层面：

   • 一般情况下，如果违规建筑的存在违反了相关法律法规，且综合执法局依法进行处罚并委托第三方进行鉴定，那么鉴定费可能被视为执法成本的一部分。然而，法律法规并未明确规定此类鉴定费必须由哪一方承担，因此这往往取决于地方政策或具体案件的处理方式。

2. 地方政策层面：

   • 不同地区可能有不同的地方政策或规章，明确规定了违规建筑鉴定费的承担方式。例如，有些地方可能规定由违规建筑的所有者或建设者承担鉴定费，因为他们是违规行为的直接责任方。而有些地方则可能将鉴定费纳入执法成本，由综合执法局或相关政府部门承担。

3. 案件具体情况层面：

   • 在某些特定情况下，鉴定费的承担可能还取决于案件的具体情况。例如，如果违规建筑的所有者或建设者能够证明其并非故意违规，或者存在其他特殊情况，那么综合执法局可能会考虑减轻或免除其承担鉴定费的责任。
   • 另外，如果综合执法局在处罚过程中存在程序瑕疵或违法行为，导致鉴定成为必要且合理的步骤，那么鉴定费也可能由综合执法局承担。

建议与行动指南：

• 查阅地方政策：首先，建议查阅当地关于违规建筑处罚和鉴定费承担的具体政策或规章，以了解当地的处理方式。
• 咨询综合执法局：其次，可以咨询综合执法局或相关政府部门，了解他们在处理类似案件时通常如何处理鉴定费的承担问题。
• 准备相关证据：如果认为自己不应承担鉴定费，建议准备相关证据，如违规行为的非故意性证明、综合执法局程序瑕疵的证据等，以支持自己的主张。
• 寻求法律帮助：如果对鉴定费的承担问题存在争议或无法达成一致意见，建议寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。

总结来说，鉴定费的承担问题并非一成不变，而是取决于具体的法律法规、地方政策以及案件的具体情况。因此，在处理此类问题时，建议综合考虑多个因素，并咨询专业人士的意见。如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。