违法建筑认定书一般由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门、乡镇人民政府以及其他相关部门（如自然资源部门、住建部门等）出具，且出具认定书的过程不收取费用。以下是对此问题的详细分析：

一、主要认定部门及依据

1. 城乡规划主管部门

   • 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设的建筑，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设并作出相应处理。
   • 职责范围：负责城市规划区内违法建筑的认定，包括未批先建、超面积建设等行为。

2. 乡镇人民政府

   • 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条规定，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定建设的，由乡镇人民政府责令停止建设并限期改正。
   • 职责范围：针对农村集体土地上未经审批擅自搭建的建筑物、构筑物进行认定。

3. 其他相关部门

   • 自然资源部门：对涉及非法占用土地（如耕地、林地）的违建行为进行查处，依据《土地管理法》第七十七条追究法律责任。
   • 住房和城乡建设部门：参与认定违反施工许可管理规定的建设项目，例如未办理施工许可证擅自开工的工程。

二、认定流程与费用

• 认定流程：通常包括线索发现、调查取证、联合认定（如需）、公示告知等步骤。各部门在认定违法建筑时，必须严格遵守相关法律法规，依法进行调查取证，并作出是否属于违法建筑的认定。
• 费用问题：出具违法建筑认定书的过程是行政机关履行职责的行为，不收取任何费用。如果有人以此为由收取费用，可能涉及违法行为，您可以向相关部门举报。

三、特殊情形下的认定主体差异

• 历史遗留问题：部分早期建设的无证房屋可能因政策调整被纳入合法化范畴，需结合当地专项整治方案确定处理方式。
• 跨区域违建：跨行政区域的违法建筑由共同上级政府指定管辖机关，避免推诿扯皮。

四、法律建议

• 如果您收到了违法建筑认定书，首先应当确认出具认定书的部门是否具有相应的职权。
• 其次，您可以要求出具部门提供认定违法建筑的依据和证据。
• 如果您对认定结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

总结：违法建筑认定书一般由具有相应职权的行政机关出具，且出具过程不收取费用。如果您对认定结果有疑问或异议，建议及时咨询并寻求法律帮助。