公司涉及刑事案件时，专票能否抵扣需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若公司未被认定存在虚开发票等违法行为，且业务真实合法
   根据《增值税暂行条例》第十条，只有用于“非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费”等情形的进项税额才不得抵扣。若公司因刑事案件被调查，但最终未被认定存在虚开发票、偷逃税等违法行为，且相关业务真实发生、专票符合抵扣条件（如取得合法有效凭证、业务与生产经营相关等），则仍可正常抵扣进项税额。

2. 若公司被认定存在虚开发票、偷逃税等违法行为

   • 行政层面：税务机关会依据《税收征收管理法》第六十三条，对虚开发票行为追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款。此时，虚开发票对应的进项税额不得抵扣，已抵扣的需作进项税额转出处理。
     
   • 刑事层面：若公司因虚开发票罪被追究刑事责任（依据《刑法》第二百零五条），不仅需承担刑事责任，税务处理上也会被认定为“非法取得发票”，相关进项税额永久丧失抵扣资格，且可能面临更严厉的税务处罚。

3. 若专票涉及“走逃（失联）企业”或“异常凭证”
   根据国家税务总局公告2019年第38号，若开票方被认定为“走逃（失联）企业”，或专票被列为“异常凭证”，受票方需暂停抵扣进项税额。若后续经核实业务真实，可重新抵扣；若无法证实业务合法性，则不得抵扣，已抵扣的需转出。

实务建议：

• 公司应立即自查专票对应的业务真实性，保留合同、付款凭证、物流单据等证据，证明业务合法性。
  
• 若被税务机关要求作进项转出，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护合法权益。
  
• 刑事案件中，建议同步委托税务律师介入，与公安机关、税务机关沟通，避免行政处罚与刑事责任叠加。
  

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