结论：敲诈勒索立案后扣押了证人的手机超出三天没有归还，并不直接证明证人或相关人员一定犯罪了。这一行为更多关联于侦查机关的侦查活动及其合法性，而非直接作为犯罪的证据。
侦查机关扣押物品的法律依据与程序
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，侦查机关在侦查活动中，为了收集、固定犯罪证据，查获犯罪人，有权依法对与案件有关的物品进行扣押。这包括但不限于可能含有犯罪证据的电子设备，如手机。
扣押程序：
- 侦查机关在扣押物品时，应当出示搜查证或扣押证，并制作扣押清单，由侦查人员、见证人和持有人签名或盖章。
- 扣押的物品应当妥善保管，不得使用、损毁或擅自处理。
- 对于扣押的物品，侦查机关应当在一定期限内进行审查，并根据审查结果决定是否继续扣押或退还。
扣押手机超出三天未归还的可能原因
侦查需要：
- 手机中可能含有与案件相关的关键证据，如聊天记录、通话记录、短信等。侦查机关需要时间对这些证据进行提取、分析和固定。
- 如果手机中的证据涉及复杂的电子数据恢复或分析，可能需要更长时间来完成。
程序瑕疵或延误：
- 在某些情况下，由于侦查机关内部程序繁琐或人员不足，可能导致扣押物品的退还程序出现延误。
- 如果侦查机关在扣押过程中存在程序瑕疵，如未及时制作扣押清单或未通知持有人等，也可能影响物品的及时退还。
扣押手机未归还与犯罪证明的关系
不直接证明犯罪：
- 扣押手机未归还本身并不直接证明证人或相关人员犯罪。它只是侦查机关在侦查过程中的一种手段，用于收集证据。
- 犯罪的证明需要依靠完整的证据链，包括物证、书证、证人证言、被告人供述与辩解等。单一的行为或物品不能作为犯罪的直接证据。
可能引发的法律问题：
- 如果侦查机关在扣押过程中存在违法行为，如超期扣押、擅自使用或损毁扣押物品等，可能面临法律监督和责任追究。
- 证人或相关人员如果认为自己的合法权益受到侵害，可以通过法律途径维护自己的权益，如申请国家赔偿或提起行政诉讼等。
建议与行动
了解扣押原因：
- 如果您的手机被扣押且未及时归还，您可以向侦查机关了解扣押的具体原因和预计的退还时间。
维护合法权益：
- 如果您认为侦查机关的扣押行为存在违法行为或侵犯了您的合法权益，您可以向相关部门进行投诉或举报。
- 您也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。
配合侦查工作：
- 在侦查过程中，您应当积极配合侦查机关的工作，提供必要的协助和信息。这有助于加快侦查进程，促进案件的顺利解决。
作为李宏斌律师，我建议您在面对此类情况时保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。