结论：项目经理在投标期间辞职且注册证不在本单位，并不直接导致废标，但可能因不符合招标文件要求或影响投标文件的有效性而面临废标风险，具体需结合招标文件规定和实际情况判断。

分析：

1. 招标文件的要求：

   • 招标文件通常会明确规定投标人的资格条件，包括项目经理的资质、注册证等要求。如果招标文件明确要求项目经理必须在投标时为本单位员工，且持有有效注册证，那么项目经理的辞职和注册证不在本单位的情况，就可能构成不符合招标文件要求，从而面临废标风险。

2. 投标文件的有效性：

   • 投标文件是投标人响应招标文件、参与投标竞争的法律文件。如果投标文件中包含了项目经理的资质证明、注册证等关键信息，而这些信息在投标期间因项目经理辞职而失效或无法提供，那么投标文件的有效性就可能受到质疑，进而可能导致废标。

3. 实际操作的灵活性：

   • 在实际操作中，招标人或评标委员会可能会根据具体情况进行灵活处理。例如，如果投标人能够及时提供项目经理的新注册证或相关证明文件，证明项目经理仍然具备投标资格，那么废标的风险可能会降低。此外，如果招标文件没有明确规定项目经理必须在投标时为本单位员工，或者允许投标人在中标后更换项目经理，那么项目经理的辞职和注册证不在本单位的情况，就可能不会对投标结果产生直接影响。

建议：

• 仔细审查招标文件：在投标前，务必仔细审查招标文件，了解其对项目经理的资质、注册证等要求，确保投标文件符合招标文件的规定。
• 及时沟通与解释：如果项目经理在投标期间辞职且注册证不在本单位，应及时与招标人或评标委员会沟通，解释情况并提供相关证明文件，以降低废标风险。
• 考虑更换项目经理：如果项目经理的辞职和注册证不在本单位的情况可能对投标结果产生不利影响，可以考虑更换符合招标文件要求的项目经理，以确保投标文件的有效性。

后续行动：

• 如果您已经遇到了这种情况，并且担心可能面临废标风险，建议您立即与招标人或评标委员会取得联系，详细解释情况并提供相关证明文件。
• 同时，您也可以咨询我，我会根据您的具体情况和招标文件的规定，为您提供更具体的法律建议和帮助。