结论：公司未经你同意将你的执业药师证登记为质量负责人，这一行为可能涉及违法违规，你有权要求公司更正，并可根据实际情况考虑采取进一步措施维护自身权益。以下从多个角度为你详细分析：
一、公司行为的合法性分析
未经同意使用证件：
- 公司未经你明确同意，擅自使用你的执业药师证进行质量负责人的登记，这一行为可能违反了《中华人民共和国劳动合同法》中关于劳动者权益保护的相关规定，特别是关于劳动者个人证件使用和保管的条款。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“质量负责人登记需经本人同意”，但基于劳动者对个人证件的保管权和使用权，公司未经同意使用即构成侵权。
质量负责人的资质要求：
- 根据相关行业规定（如药品经营质量管理规范等），质量负责人通常需要具备相应的专业资质和经验。如果你的执业药师证被用于满足这一资质要求，但公司并未与你就担任质量负责人一事进行协商并达成一致，那么公司的行为可能不仅侵犯了你的个人权益，还可能违反了行业监管规定。
二、你的权益及应对措施
要求公司更正：
- 你有权要求公司立即停止使用你的执业药师证作为质量负责人的登记，并更正相关记录。你可以与公司进行沟通，明确表达你的意愿和立场，要求公司尊重你的个人选择和权益。
收集证据并保留：
- 在与公司沟通的过程中，注意收集相关证据，如公司使用你证件的记录、沟通记录等。这些证据将有助于你在后续维权过程中证明自己的权益受到了侵害。
向相关部门投诉：
- 如果公司拒绝更正或继续侵犯你的权益，你可以向当地劳动监察部门或行业监管部门进行投诉。这些部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，并保护你的合法权益。
考虑法律途径：
- 在必要时，你可以考虑通过法律途径维护自己的权益。例如，你可以向法院提起诉讼，要求公司承担侵权责任并赔偿你的损失。在提起诉讼前，建议你咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。
三、可能的法律后果
公司面临行政处罚：
- 如果公司的行为被认定为违法违规，它可能面临行业监管部门的行政处罚，如罚款、吊销许可证等。
公司承担民事责任：
- 如果公司的行为给你造成了损失（如名誉损害、经济损失等），它可能需要承担民事责任并赔偿你的损失。
你个人可能面临的法律风险：
- 需要注意的是，如果你明知公司未经你同意使用你的证件而未采取任何措施，或者你在某些情况下被视为默认同意了公司的行为（尽管这种情况较为罕见且需要具体证据支持），那么你个人也可能面临一定的法律风险。然而，在大多数情况下，这一风险是相对较小的，因为劳动者通常有权保护自己的个人证件和权益不受侵犯。
建议：我建议你首先与公司进行沟通，明确表达你的意愿和立场，并要求公司立即更正相关记录。如果公司拒绝配合或继续侵犯你的权益，你可以考虑向相关部门投诉或寻求法律途径维护自己的权益。如果你需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问。