若法院发现行政机关或其他主体存在违法情形却未依法移交相关线索或案件，可采取以下处理措施：

1. 内部监督与纠正机制
   法院在审判或执行过程中发现违法线索未移交的，首先可通过司法建议书的形式向相关机关提出纠正建议。根据《人民法院组织法》及《法官法》相关规定，法院有权对审判工作中发现的违法问题向有关单位提出司法建议，督促其依法履职。若涉及行政机关，法院可建议其启动内部调查程序，并将结果反馈法院。

2. 移送纪检监察或检察机关
   若违法情形涉嫌职务犯罪或行政违法，法院应依据《刑事诉讼法》及《监察法》相关规定，将线索移送同级监察委员会处理。监察机关有权对公职人员的违法行为进行调查处置。若涉及普通刑事犯罪，法院可直接移送公安机关立案侦查，并抄送同级人民检察院监督。

3. 启动审判监督程序
   若未移交行为直接影响案件公正审理（如关键证据未移交导致事实认定错误），法院可依职权或依当事人申请启动再审程序，撤销原判决并重新审理。根据《民事诉讼法》第207条，审判人员存在徇私舞弊、枉法裁判等情形的，当事人可申请再审。

4. 责任追究与公开通报
   对故意隐瞒违法线索或拒不移交的审判人员，法院可依据《人民法院工作人员处分条例》给予纪律处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。同时，法院可通过裁判文书网或新闻发布会等形式公开通报典型案例，形成司法监督威慑。

实务建议：

• 若当事人发现法院未依法移交违法线索，可向法院监察部门或上级法院提出书面异议，要求说明理由并督促移交。
  
• 涉及行政机关违法时，可同步向同级人民政府或上级行政机关申请行政复议，或直接提起行政诉讼要求确认行政行为违法。
  
• 建议保留相关证据（如裁判文书、沟通记录等），以便在后续监督程序中证明违法事实的存在。
  

如有具体案件背景，可进一步提供细节，我将结合实体法与程序法为你分析操作路径。