结论：保密费是否能算在基本工资里面，并非一概而论，而是取决于劳动合同的具体内容、公司政策以及相关法律法规的规定。关键在于双方（即用人单位与员工）在劳动合同中的明确约定。
一、法律未强制支付保密费，也未明确保密费是否属于工资
保密费的支付并非法定义务：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者可在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项。但法律并未明确规定用人单位必须向劳动者支付保密费，即支付保密费并非用人单位的法定义务。
保密费与工资的性质差异：
- 保密费是基于劳动者承担保密责任而支付的，与劳动者的日常工作内容和劳动成果无直接关联，是对劳动者履行保密义务的一种补偿。
- 工资则是劳动者基于劳动关系所获得的劳动报酬，与劳动者的劳动付出直接相关。根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等六个部分组成，并未明确将保密费列入其中。
二、保密费包含在基本工资中的合法性判断
合同约定优先：
- 如果劳动合同中明确将保密费包含在基本工资中，并且该约定合理、合法，同时工资总额能够体现包含保密费的构成，且用人单位已向劳动者明确告知，则此做法合法有效。例如，劳动合同中清晰写明员工工资由基本工资（包含保密费）、岗位工资等组成，并在工资条上明确列示各项明细，员工签字确认且未提出异议，此时保密费算在基本工资中是合法的。
未明确约定或未告知的风险：
- 若用人单位未与劳动者在合同中明确约定保密费的相关事宜，或虽约定但未明确告知工资中包含保密费，只是单方面将保密费混入工资发放，这可能侵犯了劳动者的知情权。在此情况下，一旦发生劳动争议，劳动者可能不认可工资中包含保密费，用人单位也难以证明已就保密费事项与劳动者达成一致意见，从而可能面临不利的法律后果。
三、实际操作建议
明确薪资结构：
- 对于用人单位而言，应明确薪资结构，将保密费与基本工资等区分开来，并在劳动合同或保密协议中明确约定保密费的支付方式、支付标准、支付时间等。这既能保护商业秘密，又能避免因薪资约定不明而引发劳动争议。
履行告知义务：
- 用人单位应确保劳动者知晓自己工资的具体构成和各项费用的发放依据。在发放工资时，应提供详细的工资条，明确列示各项明细，以便劳动者核对和确认。
合理设定保密费：
- 保密费的设定应合理、合法，既要能够激励员工履行保密义务，又要避免过高或过低导致的不公平或无效。用人单位可以根据自身情况、行业惯例以及劳动者的实际贡献等因素来综合考虑保密费的设定。
总结：保密费是否能算在基本工资里面，需根据劳动合同的具体条款、公司内部规章制度以及双方的实际履行情况来综合判断。在处理相关问题时，建议用人单位和劳动者都应仔细审查劳动合同中关于薪资的约定，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。