《保障农民工工资支付条例》可以与《民法典》配套实施，二者在法律适用上并不冲突，且能形成互补关系，共同保障农民工的合法权益。具体分析如下：

1. 立法目的与适用范围互补
   《保障农民工工资支付条例》是专门针对农民工工资支付问题的行政法规，旨在解决农民工工资拖欠、支付保障等现实问题，具有行业针对性；而《民法典》作为民事法律的基本法，调整平等主体之间的人身关系和财产关系，适用于所有民事主体（包括农民工与用人单位之间的劳动关系）。二者在立法目的上形成互补：前者通过行政手段强化工资支付保障，后者通过民事法律规则明确权利义务关系。

2. 法律关系调整的层次性

   • 《民法典》：规定劳动合同的基本原则（如平等自愿、公平诚信）、工资支付的一般规则（如按时足额支付、禁止克扣），以及违约责任（如拖欠工资的赔偿）。
     
   • 《保障农民工工资支付条例》：在《民法典》基础上，进一步细化农民工工资支付的特殊要求，例如要求用人单位开设农民工工资专用账户、实行实名制管理、建立工资支付监控预警平台等。这些规定属于行政监管措施，与《民法典》的民事规则形成“一般法+特别法”的关系。

3. 法律责任衔接

   • 若用人单位拖欠农民工工资，首先适用《保障农民工工资支付条例》中的行政责任（如责令限期支付、加付赔偿金、列入失信联合惩戒名单等）；
     
   • 若因拖欠工资引发劳动争议（如解除劳动合同、经济补偿），则需依据《民法典》中劳动合同编的规定处理；
     
   • 若用人单位的行为同时构成侵权（如恶意拖欠导致农民工生活困难），还可依据《民法典》侵权责任编追究民事赔偿责任。

4. 实践中的协同适用
   在司法或行政执法中，二者常被同时引用。例如：

   • 劳动监察部门在查处拖欠工资案件时，会依据《保障农民工工资支付条例》要求用人单位整改，同时引用《民法典》中关于劳动报酬支付的规定，明确用人单位的民事义务；
     
   • 法院审理农民工讨薪案件时，若涉及工资支付方式、证据认定等问题，可能优先适用《保障农民工工资支付条例》的特别规定，再结合《民法典》的一般规则裁判。

总结：两部法律在保障农民工权益上目标一致，但分工不同。《保障农民工工资支付条例》提供行政保障和特殊规则，《民法典》提供民事权利基础和一般规则，二者配套实施能更全面地覆盖农民工工资支付的全链条问题。若您遇到具体案件或需要进一步分析，可直接向我咨询。