员工连续旷工三天以上，用人单位可根据具体情况采取警告、扣发工资、要求承担赔偿责任或解除劳动合同等处理措施，但所有处理措施均需确保符合法律法规，并遵循正当程序。以下是对此问题的详细分析：

一、处理原则与前提

1. 依法依规：用人单位在处理旷工问题时，必须确保其规章制度的合法性、合理性，并已通过民主程序制定且向劳动者公示或告知。这是处理旷工问题的基本前提，也是保障劳动者合法权益的重要基础。
2. 公正透明：处理过程应公正、透明，确保劳动者的合法权益不受侵害。用人单位在处理旷工问题时，应充分听取劳动者的意见和解释，避免单方面、不公正的处理方式。

二、具体处理方式

1. 警告处理

   • 对于首次或情节较轻的旷工行为，用人单位应首先给予书面警告，要求劳动者立即改正，并明确后续可能的纪律处分。警告处理旨在促使劳动者认识错误并改正，同时警示其他员工遵守劳动纪律。

2. 工资扣除

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的原则，劳动者旷工期间，用人单位有权不支付相应工资，作为对未提供劳动的合理回应。但扣除工资应确保合法性和合理性，按照单位规定或劳动合同约定执行，且扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%（若因旷工给用人单位造成经济损失，赔偿金额可从工资中扣除，但同样受此限制）。

3. 承担赔偿责任

   • 若旷工行为导致用人单位经济损失（如生产延误、订单违约等），劳动者应承担赔偿责任。赔偿责任通常会在劳动合同中约定，赔偿金额可根据实际损失情况确定，并从劳动者工资中扣除（需遵守上述扣除限额）。

4. 单方面解除劳动合同

   • 若旷工行为被认定为严重违反规章制度，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，用人单位可单方面解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。但需确保已履行必要程序，如通知工会、发出书面警告等，并确保规章制度制定程序合法、内容不违反法律强制性规定且已向劳动者公示。

三、处理流程建议

1. 核实旷工事实：通过考勤记录、同事证言等方式核实员工旷工事实，避免误判引发劳动纠纷。
2. 通知员工说明情况：及时通知员工旷工事实，要求其说明原因，并保留相关通知记录。这有助于了解旷工原因，为后续处理提供依据。
3. 根据规章制度处理：根据员工说明情况及单位规章制度决定处理方式，确保处理过程合法合理。若规章制度未明确规定旷工处理方式，用人单位应参考相关法律法规和行业惯例进行处理。
4. 告知处理结果：以书面形式告知员工处理结果，并要求签字确认。若员工拒绝签字，可通过邮寄、公告等方式送达。这有助于确保处理结果的合法性和有效性。

四、注意事项

1. 加强劳动纪律教育：用人单位应定期对员工进行劳动纪律教育，提高遵纪守法意识，预防旷工行为的发生。
2. 完善规章制度：确保规章制度内容合法、程序合规，为处理旷工问题提供有力依据。规章制度应明确旷工的定义、处理措施及程序，并经过民主程序制定且向劳动者公示或告知。
3. 沟通与协商：在处理旷工问题时，用人单位应与劳动者进行充分沟通，了解其旷工原因，尽量通过协商解决争议。这有助于维护良好的劳动关系，减少劳动争议的发生。

总结来说，对于员工连续旷工三天以上的处理，用人单位应综合考虑法律法规、内部规章制度及实际情况，选择合适的处理方式并确保处理过程的合法性和合理性。若您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。