结论：土地流转合同中约定由农村土地承包仲裁委员会管辖，并不完全排除直接向法院起诉的可能性，但具体能否直接起诉取决于纠纷类型及双方是否达成有效的仲裁协议。

分析如下：

1. 可直接诉讼的情况：

   • 土地承包经营权侵权纠纷：若纠纷涉及土地承包经营权受到非法侵害，如未经许可占用承包地等，承包方有权直接向人民法院提起侵权之诉，要求侵权人停止侵害、排除妨碍、恢复原状并赔偿损失。这种情况下，即使合同中有仲裁条款，也不影响承包方直接起诉的权利。
   • 土地承包经营权流转纠纷中的特定情形：在土地承包经营权流转过程中，若一方违反流转合同约定，且该违约行为不涉及合同本身的效力或履行争议，而是直接侵害了另一方的权益（如未按时支付流转价款），另一方也有权直接向法院提起诉讼。但需注意，如果违约行为同时触发了合同中的仲裁条款，且双方对仲裁条款无异议，则通常应先通过仲裁解决。

2. 需先经过仲裁程序的情况：

   • 因土地承包经营合同产生的纠纷：根据《中华人民共和国农村土地承包法》第五十五条，因土地承包经营发生纠纷时，双方应首先尝试协商或调解解决。若协商、调解不成，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或直接向人民法院起诉。但这里有一个重要前提，即若双方未达成书面仲裁协议，则一方申请仲裁而另一方提起诉讼时，人民法院应予受理。然而，若双方已达成书面仲裁协议，且该协议明确排除了法院管辖，则通常应先通过仲裁解决纠纷，对仲裁裁决不服的，方可在收到裁决书之日起三十日内向人民法院起诉。
   • 实践中的常见情况：对于发包方擅自变更、解除土地承包合同，或承包方不履行合同约定义务（如不按时缴纳承包费）等情况，如果合同中有明确的仲裁条款，且双方对仲裁条款无异议，则通常需要先向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。

3. 关于仲裁协议的效力：

   • 仲裁协议是双方当事人自愿将争议提交仲裁解决的书面协议。如果土地流转合同中明确约定了仲裁条款，且该条款符合法律规定（如双方意思表示真实、仲裁事项明确等），则该仲裁条款对双方具有约束力。但需注意，如果一方在首次开庭前未对人民法院受理该案提出异议，并应诉答辩的，则视为放弃仲裁协议，人民法院将继续审理。

建议：

• 在签订土地流转合同时，应明确约定纠纷解决方式（仲裁或诉讼），并确保该约定符合法律规定。
• 如果合同中已有仲裁条款，但希望保留直接起诉的权利，可以在合同中增加相关条款，如“若一方对仲裁裁决不服，有权向人民法院提起诉讼”等（但需注意，这种约定可能因违反仲裁一裁终局的原则而无效，具体需根据合同内容和法律规定判断）。
• 在发生纠纷时，应首先审查合同中的纠纷解决条款，并根据实际情况选择合适的解决方式。如果对仲裁或诉讼程序不熟悉，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

后续行动： 如果您在土地流转合同纠纷中遇到了具体问题，或者对仲裁和诉讼程序有进一步疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。