结论：在农村小工厂欠三千工资不给的情况下，起诉是需要花费一定费用的，但具体费用及是否值得起诉需结合实际情况判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、起诉所需费用
诉讼费：
- 根据《诉讼费用交纳办法》的规定，劳动争议案件每件交纳10元。但需注意，若案件涉及财产关系，且标的额（即您主张的工资数额）超过一定标准，则需按照标的额的一定比例交纳诉讼费。不过，在您的情况下，标的额仅为3000元，因此诉讼费应不会太高，很可能就是按件收取的10元。
其他费用：
- 除了诉讼费，起诉还可能涉及律师费、差旅费等。律师费因律师资历、案件复杂程度等因素而异，不是必须支出，如果您选择自己出庭则无需支付。差旅费则取决于您与法院之间的距离以及是否需要多次往返等因素。
二、是否值得起诉的考量
成本效益分析：
- 在决定是否起诉前，您需要权衡起诉的成本与可能获得的收益。如果起诉成本（包括诉讼费、律师费、差旅费等）过高，而您最终能获得的工资数额相对较低，那么起诉可能不是最经济的选择。
- 然而，从另一个角度来看，起诉也是维护自身权益的一种方式。如果工厂长期拖欠工资，且您没有其他有效的解决途径，那么起诉可能是迫使工厂支付工资的有效手段。
证据收集与诉讼风险：
- 在起诉前，您需要收集足够的证据来证明工厂拖欠工资的事实。这可能包括劳动合同、工资条、工作记录、同事证言等。如果证据不足或存在瑕疵，可能会影响您的诉讼结果。
- 同时，您也需要了解诉讼的风险。虽然法律保护劳动者的合法权益，但诉讼结果并非完全可控。如果工厂提出合理的抗辩理由或证据，可能会影响您的诉求得到支持。
三、建议与行动
尝试协商解决：
- 在起诉前，您可以先尝试与工厂进行协商，看是否能够达成和解协议并支付拖欠的工资。协商解决通常成本较低且效率较高。
咨询专业律师（此处为引导性说明，不作为必须支出建议）：
- 如果您对起诉流程、证据收集或诉讼风险等方面存在疑问，可以向我咨询。我可以根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
准备起诉材料并提起诉讼：
- 如果协商无果且您决定起诉，那么您需要准备起诉材料（包括起诉状、证据材料等）并向有管辖权的法院提起诉讼。在起诉过程中，您需要遵循法院的诉讼程序和要求。
举例说明：假设您决定起诉并成功获得了法院的判决支持，但工厂仍然拒绝支付工资。在这种情况下，您可以向法院申请强制执行，法院将依法对工厂的财产进行查封、扣押或拍卖等措施以强制其履行支付义务。
最后，起诉是需要花费一定费用的，但具体费用及是否值得起诉需结合实际情况判断。如果您对起诉流程、费用或风险等方面存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。