有购房协议但没有房产证的情况下，一般不能直接对房产进行公证，但可以对购房协议本身进行公证。以下是对这一问题的详细分析：
一、公证的基本原则与房产证的关系
公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。在房产领域，公证通常涉及房产的权属、交易、继承等事项。房产证是证明房产所有权的重要法律文件，没有房产证，通常意味着房产的权属尚未明确或存在争议。
二、购房协议公证的可行性
购房协议的真实性与合法性：
- 如果购房协议是双方真实意思的表示，且内容合法、不违反公序良俗，那么该协议本身是可以进行公证的。
- 公证机构可以对购房协议的签订过程、双方当事人的身份、协议内容等进行核实，并出具公证书，证明该协议的真实性和合法性。
房产证缺失的影响：
- 尽管购房协议可以公证，但由于没有房产证，公证机构通常无法对房产的权属进行公证。
- 房产证是房产权属的法定证明文件，没有房产证，公证机构无法确认房产的所有权归属，因此无法对房产本身进行公证。
三、可能的风险与建议
风险：
- 在没有房产证的情况下进行房产交易或相关公证，可能存在权属争议、合同无效等风险。
- 如果购房协议涉及未来房产的权属变更，而房产证尚未办理或存在争议，那么公证的效力可能受到限制。
建议：
- 在签订购房协议前，应确保房产的权属清晰，尽量要求卖方提供房产证或其他权属证明文件。
- 如果房产证尚未办理或存在争议，可以考虑在购房协议中约定相关的权属处理方式和违约责任，以降低风险。
- 在需要公证的情况下，可以仅对购房协议本身进行公证，以证明协议的真实性和合法性。同时，应咨询专业律师，了解公证的具体要求和流程，以及可能存在的法律风险。
四、特殊情况下的处理
- 在某些特殊情况下，如房产正在办理房产证过程中，或者因历史原因无法办理房产证等，如果双方当事人对房产的权属无争议，且购房协议内容合法、有效，那么可以考虑在公证机构的指导下，通过其他方式（如声明书公证、委托书公证等）来辅助证明房产的权属或交易意愿。但这种情况需要具体分析，并咨询专业律师的意见。
总结来说，有购房协议但没有房产证的情况下，一般不能直接对房产进行公证，但可以对购房协议本身进行公证。在进行相关操作时，应充分考虑可能存在的法律风险，并咨询专业律师的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。