结论：被车撞了对方全责的情况下，公司扣发年终奖一般是不合理的，但具体是否合法需结合公司规章制度、劳动合同以及年终奖的性质等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

从交通事故赔偿与公司扣薪的关联性角度

交通事故赔偿是侵权法律关系，主要涉及你与肇事司机之间的赔偿问题。对方全责意味着肇事司机需要对你因事故产生的合理损失，如医疗费、误工费、护理费等进行赔偿。而公司扣发年终奖属于劳动法律关系范畴，是公司与员工之间基于劳动合同和公司规章制度产生的权利义务关系。一般情况下，交通事故赔偿与公司扣发年终奖没有直接的因果关系。也就是说，不能因为你在交通事故中受伤且对方全责，公司就有理由扣发你的年终奖。

从公司规章制度和劳动合同角度

1. 公司规章制度合法有效且明确规定：如果公司的规章制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），并且已经向员工公示或者告知，同时规章制度中明确规定了在某些情况下可以扣发年终奖，例如员工因自身原因导致公司遭受重大损失、严重违反公司纪律等。但交通事故并非你自身故意或重大过失导致公司损失，且不属于严重违反公司纪律的情形，那么公司以此为由扣发年终奖可能缺乏合法依据。
2. 劳动合同有相关约定：若你与公司签订的劳动合同中明确约定了年终奖的发放条件、标准以及在何种情况下可以扣发年终奖，且该约定不违反法律法规的强制性规定。例如合同约定员工在特定期间内因个人原因请假超过一定天数则扣发部分年终奖，但交通事故受伤请假通常不属于“个人原因”的主观故意范畴，公司以此扣发年终奖可能不合理。如果劳动合同中没有关于扣发年终奖的明确约定，公司随意扣发年终奖则缺乏合同依据。

从年终奖的性质角度

年终奖是公司根据自身经营状况和员工工作表现等，在年底向员工发放的一次性奖金。如果年终奖属于员工劳动报酬的一部分，具有固定性和规律性，例如公司每年都按照一定标准发放年终奖，且员工已经完成了相应的工作任务，那么公司无正当理由扣发年终奖可能构成拖欠劳动报酬。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。

法律建议

1. 与公司协商：你可以先与公司进行沟通，了解公司扣发年终奖的具体原因和依据，向公司说明交通事故并非你自身过错导致，且与公司业务和你的工作表现无关，要求公司按照规定发放年终奖。
2. 申请劳动仲裁：如果与公司协商无果，你可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，提交劳动合同、公司规章制度、交通事故责任认定书等相关证据，要求公司支付被扣发的年终奖。
3. 寻求法律援助：在申请劳动仲裁过程中，如果你对法律程序和相关法律规定不熟悉，可以向我进一步咨询，我会为你提供专业的法律指导和帮助。

可能的法律后果：如果公司扣发年终奖的行为被认定为违法，公司可能需要向你支付被扣发的年终奖，并可能面临劳动行政部门的处罚。同时，如果因公司扣发年终奖导致你解除劳动合同，公司还需要按照法律规定向你支付经济补偿。