结论：协商解除协议员工先签字，公司再申请盖章，这种做法本身并不直接违反法律规定，但需满足一定条件并注意潜在风险，以确保协议的合法性和有效性。
分析说明：
法律原则与规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的成立需要双方意思表示一致，且通常要求合同文本上有双方的签字或盖章。在协商解除劳动合同的情境中，员工先签字、公司后盖章，并不直接违背这一原则，只要双方最终都完成了签字或盖章，且内容一致，合同即成立。
实际操作中的注意事项：
- 员工权益保护：员工在签字前应确保已充分理解协议内容，包括解除条件、经济补偿等关键条款。若公司后续未盖章或协议内容有变，员工可能面临权益受损的风险。因此，员工在签字前可要求公司出具书面承诺或保留相关证据，以证明双方已就协议内容达成一致。
- 公司诚信与责任：公司应在员工签字后尽快完成盖章手续，并确保盖章后的协议与员工签字的版本一致。若公司故意拖延盖章或修改协议内容，可能构成违约或欺诈，需承担相应的法律责任。
潜在风险与防范：
- 协议效力风险：若公司最终未盖章或盖章的协议与员工签字的版本不一致，可能导致协议无效或部分无效。为防范此类风险，双方可在协议中明确约定盖章的时间限制和协议生效的条件。
- 证据保留风险：员工在签字后应妥善保管协议文本及相关证据，如邮件、短信等沟通记录，以备不时之需。若发生纠纷，这些证据将有助于证明双方的真实意思表示和协议内容。
特殊场景：
- 若员工在签字后发现协议内容存在重大误解或显失公平的情况，可依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，请求人民法院或仲裁机构撤销或变更协议。但这一权利的行使需在法定期限内提出，并需提供充分的证据支持。
建议与行动：
- 对于员工而言，在签字前应仔细阅读协议内容，确保理解并同意所有条款。如有疑问或不确定之处，可要求公司进行解释或修改。签字后应妥善保管协议文本及相关证据。
- 对于公司而言，应确保协议内容的合法性和公平性，并在员工签字后尽快完成盖章手续。若因特殊原因需延迟盖章，应及时与员工沟通并说明情况，以避免不必要的纠纷。
后续法律步骤与公式（如涉及经济补偿计算）：
- 若协商解除协议中涉及经济补偿的计算，通常根据员工在公司的工作年限、工资水平等因素确定。具体计算公式可能因地区和公司政策而异，但一般可参照以下公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资通常指员工离职前12个月的平均工资）。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。