结论：在三方责任且责任认定书已明确一方次要、一方主要责任的情况下，既可以选择协商赔偿，也可以选择进行伤残评级后依据评级结果进行赔偿。具体选择哪种方式，需结合实际情况综合考虑。
一、协商赔偿
协商赔偿的优势：
- 效率高：协商赔偿通常不需要经过复杂的法律程序，双方可以直接就赔偿金额和方式进行协商，达成一致后即可执行，节省了时间和精力。
- 灵活性大：协商赔偿可以根据双方的实际情况和需求进行灵活调整，比如可以分期付款、以物抵债等，更加符合双方的利益。
协商赔偿的注意事项：
- 确保赔偿金额合理：在协商赔偿时，应确保赔偿金额能够覆盖受害方的实际损失，包括医疗费、误工费、护理费、营养费等。如果赔偿金额过低，可能无法满足受害方的需求，导致协商失败。
- 签订书面协议：为了保障双方的权益，协商赔偿时应签订书面协议，明确赔偿金额、支付方式、支付时间等关键条款，避免后续产生纠纷。
二、伤残评级后赔偿
伤残评级的作用：
- 确定赔偿标准：伤残评级是确定赔偿金额的重要依据。根据评级结果，可以参照相关法律法规和赔偿标准，计算出受害方应获得的赔偿金额。
- 保障受害方权益：伤残评级能够客观反映受害方的伤残程度，为受害方争取合理的赔偿提供了有力支持。
伤残评级的流程：
- 申请评级：受害方可以向具有资质的鉴定机构申请伤残评级，提交相关医疗证明和病历资料。
- 鉴定评估：鉴定机构会对受害方的伤残程度进行评估，并出具鉴定报告。
- 依据评级结果赔偿：根据鉴定报告中的评级结果，双方可以依据相关法律法规和赔偿标准进行赔偿协商或诉讼。
伤残评级后赔偿的注意事项：
- 选择正规鉴定机构：为了确保评级结果的公正性和准确性，应选择具有资质的正规鉴定机构进行伤残评级。
- 及时申请评级：受害方应在治疗终结后及时申请伤残评级，避免因时间过长导致评级结果不准确或无法评级。
- 依据评级结果合理索赔：在依据评级结果进行赔偿时，应确保索赔金额合理且符合相关法律法规和赔偿标准的规定。
三、综合建议
- 如果双方对赔偿金额和方式没有争议，且能够达成一致意见，可以选择协商赔偿。这种方式更加高效、灵活，能够快速解决纠纷。
- 如果双方对赔偿金额和方式存在争议，或者受害方希望获得更加合理的赔偿，可以选择进行伤残评级后依据评级结果进行赔偿。这种方式能够确保赔偿金额的公正性和准确性，为受害方提供更加有力的保障。
在实际操作中，建议双方根据实际情况和需求进行选择，并在必要时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。