结论：认定书下来之后，主次责任的情况下，一般不可以直接按照同等责任协商赔偿金额，但双方自愿且不违反法律规定的情况下，可以协商调整赔偿比例。

详细分析：

1. 责任认定的法律效力：

   • 交通事故认定书是公安机关交通管理部门根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作的作为处理交通事故的证据。它明确了事故双方的责任比例，如主次责任，这具有法律效力，是后续赔偿处理的重要依据。

2. 赔偿金额的协商原则：

   • 在责任认定明确后，双方可以根据责任比例协商赔偿金额。但协商应基于实际损失和责任比例，不应随意改变责任认定书所确定的责任比例。
   • 如果双方希望按照同等责任协商赔偿金额，这实际上是对原责任认定的变更。在一般情况下，这种变更需要双方自愿，并且不违反法律的强制性规定。然而，从法律严谨性的角度来看，直接按照同等责任协商可能并不被法律所鼓励，因为它可能偏离了事故发生的实际情况和责任比例。

3. 协商的合法性与有效性：

   • 如果双方确实希望按照同等责任协商赔偿金额，并且这种协商是自愿的、公平的，且不损害第三方利益，那么这种协商在法律上可能是有效的。但需要注意的是，如果协商结果与责任认定书所确定的责任比例相差甚远，可能会引发后续的法律纠纷，如一方反悔或第三方提出异议。
   • 另外，如果协商过程中存在欺诈、胁迫等不正当手段，那么协商结果将是无效的，受害方有权向法院提起诉讼，要求按照实际责任比例进行赔偿。

4. 建议与注意事项：

   • 在协商赔偿金额时，建议双方充分沟通、理性对待，尽量达成公平合理的赔偿协议。
   • 如果对责任认定或赔偿金额有异议，可以及时向公安机关交通管理部门申请复核或向法院提起诉讼，通过法律途径解决争议。
   • 在协商过程中，可以寻求专业律师的帮助，以确保协商结果的合法性和有效性。

举例说明： 假设一起交通事故中，认定书确定甲方为主要责任，乙方为次要责任。在协商赔偿金额时，如果双方希望按照同等责任协商，即甲方和乙方各自承担50%的赔偿责任，这种协商在双方自愿且不违反法律规定的情况下是可能的。但需要注意的是，这种协商结果可能与实际责任比例不符，因此需要谨慎对待，并确保协商过程的合法性和公平性。

后续行动建议： 如果您在协商过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。