公司流水走员工账户是否合法，需分情况讨论：
一般情况下的不合法性
- 法律原则：根据《中华人民共和国公司法》及相关财务、税务法规，公司应当使用其自有账户进行资金往来，以确保财务的透明度和合规性。公司流水走员工账户，往往被视为违反财务和税务管理规定的行为，因为这可能导致公司资金与个人资金混同，难以区分，进而影响公司财务的真实性和准确性。
- 税务风险：如果公司流水通过员工账户进行，可能被视为逃避税务监管，从而面临税务处罚的风险。税务机关有权对公司的资金往来进行审查，一旦发现异常，可能会对公司进行税务稽查，并要求补缴税款、滞纳金及罚款。
- 法律责任：公司及其相关责任人员（如法定代表人、财务负责人等）可能因违反财务和税务管理规定而承担法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
特殊情况下的合法性探讨
- 临时性、偶发性情况：在某些特殊情况下，如公司账户临时冻结、银行系统故障等，公司可能不得不临时使用员工账户进行资金往来。但这种情况应当是临时性的、偶发性的，并且应当尽快恢复正常账户使用。同时，公司应当保留相关证据，以证明这种资金往来的合理性和必要性。
- 合法授权与监管：如果公司确实需要长期使用员工账户进行资金往来（这种情况极为罕见且风险极高），那么必须获得员工的明确授权，并且建立严格的监管机制，确保资金往来的透明度和合规性。但即便如此，这种做法仍然存在极大的法律风险，不建议公司采用。
法律建议
- 避免使用员工账户：公司应当尽量避免使用员工账户进行资金往来，以确保财务的合规性和透明度。
- 完善财务管理制度：公司应当建立完善的财务管理制度，明确资金往来的流程和审批程序，确保每一笔资金往来都有明确的记录和合理的解释。
- 咨询专业律师：如果公司确实面临特殊情况，需要临时或长期使用员工账户进行资金往来，那么应当咨询专业律师，了解相关法律风险，并制定相应的风险防控措施。
总结来说，公司流水走员工账户在一般情况下是不合法的，可能面临税务风险、法律责任等问题。公司应当遵守相关法律法规，使用自有账户进行资金往来，并建立完善的财务管理制度。如果确实面临特殊情况，需要咨询专业律师并制定相应的风险防控措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。