销售方在合同已履行但自身违约且购买方已扣违约金的情况下，应按以下方式开发票：

1. 正常履行部分的发票开具
   对于合同中已正常履行的部分，销售方仍需按照实际交易金额向购买方开具增值税发票（一般纳税人开具专票或普票，小规模纳税人开具普票）。发票内容应与合同约定的标的、数量、金额一致，确保与实际履约情况相符。

2. 违约金部分的发票处理

   • 若违约金属于“价外费用”：根据《增值税暂行条例》第六条及实施细则第十二条，违约金若与销售货物、劳务、服务、无形资产或不动产直接相关（如因延迟交货、质量不达标等违约行为产生），且购买方在支付货款时一并扣除了违约金，则销售方需将违约金并入销售额，按原税率开具增值税发票。
     示例：合同总价100万元，购买方因销售方延迟交货扣除5万元违约金，实际支付95万元。销售方应开具100万元发票（其中95万元为货款，5万元为违约金），税率与主合同一致。
     
   • 若违约金独立于交易：若违约金是因合同未履行（如完全未交货）或与交易无关（如因保密义务违约），则不属于增值税应税范围，销售方无需开具发票，但需向购买方开具收款收据，并注明“违约金”性质。

3. 操作步骤建议

   • 核对合同条款：确认违约金性质（是否与履约行为直接相关）及扣除方式（是否从货款中抵扣）。
     
   • 与购买方沟通：明确对方是否要求将违约金并入发票金额，或单独处理。
     
   • 开具发票：按沟通结果开具发票，确保金额、税率与税务处理一致。
     
   • 税务申报：在增值税申报表中，将违约金部分填入“价外费用”栏目（若需计税）。

4. 风险提示

   • 若违约金未计入销售额但实际属于价外费用，可能被税务机关认定为偷税，需补缴税款及滞纳金。
     
   • 建议保留合同、违约通知、扣款凭证等证据，以备税务稽查。

如有进一步疑问（如具体税率、税务申报细节），可直接向我咨询，我会结合您的合同条款和业务模式提供针对性建议。