结论：子公司投资的项目，母公司能否作为施工总承包方，需分情况讨论，主要取决于项目性质、资质要求及是否存在利益冲突或关联交易限制。以下是具体分析：

1. 法律层面：资质与招投标合规性

• 资质要求：若项目属于必须招标的范围（如大型基础设施、公用事业等），母公司需具备与项目规模、技术要求匹配的施工总承包资质（如建筑工程施工总承包一级资质）。若母公司无相应资质，即使子公司投资，母公司也不得直接承包。
• 招投标程序：根据《招标投标法》及实施条例，若项目采用公开招标，母公司作为潜在投标人需与其他企业公平竞争，不得因与子公司的关联关系获得特殊优势。若项目允许邀请招标，需确保程序透明，避免利益输送。

2. 关联交易限制：防止利益冲突

• 公司法角度：若母公司与子公司为独立法人，母公司承包子公司投资的项目可能构成关联交易。根据《公司法》第21条，关联方交易需以公平价格进行，不得损害子公司或其他股东利益。若母公司通过不公平价格承包项目（如高价承包、低质施工），可能面临法律责任。
• 上市公司特殊规定：若子公司或母公司为上市公司，还需遵守《证券法》及交易所规则对关联交易的披露要求（如提前公告、独立董事审议等），否则可能引发监管处罚。

3. 合同效力风险：避免无效情形

• 规避招标风险：若项目依法必须招标，但母公司未通过招标程序直接承包，根据《招标投标法》第53条，合同可能被认定为无效，导致母公司无法主张工程款，甚至面临行政处罚。
• 利益输送风险：若母公司通过子公司投资项目，再以不合理条件承包，可能被认定为“以合法形式掩盖非法目的”，导致合同无效。

4. 实务建议：合规操作路径

• 资质匹配：母公司需提前确认自身资质是否符合项目要求，必要时通过联合体投标或分包方式参与。
• 程序合规：若项目必须招标，母公司应严格参与招投标程序，避免与子公司串通；若项目可协商发包，需签订书面合同并明确价格、工期等条款，留存决策记录（如董事会决议）证明公平性。
• 利益隔离：母公司可设立独立项目组，避免与子公司人员混同；施工过程中定期审计，确保成本、质量符合行业标准。

总结：母公司能否承包子公司投资的项目，需结合资质、程序、利益冲突三方面综合判断。若操作合规，法律上无禁止性规定；但若存在资质不符、程序违法或利益输送，可能面临合同无效、行政处罚甚至刑事责任。建议具体项目前咨询专业律师，制定合规方案。