结论：证书挂靠费已退还对方后，纪委调查时仍要查封扣押这笔费用，并不一定构成重复上缴，具体需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、纪委查封扣押的法律依据与目的
纪委作为党内监督机构，在调查违纪违法行为时，有权依据党纪国法对涉案财物进行查封、扣押等措施。这些措施的主要目的是为了固定证据、防止资产转移或隐匿，以及后续可能的追缴或没收。因此，即使证书挂靠费已经退还对方，如果这笔费用被认定为违纪违法所得，纪委仍有权进行查封扣押，以确保后续处理的合法性和有效性。
二、退还费用与查封扣押的关系
退还费用的性质：退还证书挂靠费可能是出于多种原因，如双方协商、避免法律风险等。然而，退还行为本身并不改变这笔费用原本的性质，即如果它原本是违纪违法所得，退还并不能使其合法化。
查封扣押的独立性：纪委的查封扣押行为是基于对违纪违法行为的调查和认定，与费用是否已退还无直接关联。即使费用已退还，纪委仍可能根据调查需要对其进行查封扣押。
三、可能构成重复上缴的情况及例外
重复上缴的认定：如果纪委在查封扣押后，又要求上缴这笔已经退还的费用，且没有合理的法律依据或程序上的必要，那么可能构成重复上缴。但这种情况较为罕见，因为纪委通常会依法行事，避免不必要的程序重复。
例外情况：
四、法律建议
了解纪委调查程序：如果面临纪委的调查和查封扣押，应首先了解相关程序和要求，确保自己的权益得到保障。
保留相关证据：退还证书挂靠费时，应保留好相关证据（如转账记录、收据、协议等），以备不时之需。
咨询专业律师：如果对纪委的查封扣押行为有异议或担心可能构成重复上缴，应及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。
配合调查：在纪委调查过程中，应积极配合调查工作，如实提供相关信息和证据，避免因不配合而加重法律后果。
总结：证书挂靠费已退还对方后，纪委仍可能因调查需要对其进行查封扣押。这并不一定构成重复上缴，具体需结合实际情况和法律规定来判断。如果面临此类情况，建议及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。