公司年底已发放工资完毕，又要扣证书未转入的挂靠费用，这一行为主要违反了《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的相关规定，具体分析如下：

1. 工资支付义务：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 公司已发放工资完毕，又额外扣除费用，若未经劳动者同意或无法定依据，则构成对工资的非法克扣。

2. 证书挂靠与劳动关系：

   • 证书挂靠本身可能涉及违法违规行为，特别是当挂靠行为与劳动关系混淆时。若证书挂靠并非基于真实的劳动关系，而是单纯的资质借用，那么公司以此为由扣除费用缺乏合法依据。
   • 即便证书挂靠与劳动关系有关联，公司也应通过合法途径（如协商、合同约定等）解决费用问题，而非单方面扣除工资。

3. 可能的法律后果：

   • 劳动者权益受损：公司非法克扣工资，直接损害了劳动者的合法权益，劳动者有权要求公司补发被扣工资，并可能依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，以公司未及时足额支付劳动报酬为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
   • 行政处罚：公司若存在非法克扣工资的行为，还可能面临劳动行政部门的处罚，如责令支付工资、加付赔偿金等。

4. 建议与行动：

   • 与公司协商：首先，劳动者可以尝试与公司进行协商，明确证书挂靠的费用问题，并要求公司补发被扣工资。
   • 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求对公司非法克扣工资的行为进行查处。
   • 提起劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者还可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

总结来说，公司年底已发放工资完毕，又要扣证书未转入的挂靠费用，这一行为违反了《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的相关规定，劳动者有权要求公司补发被扣工资，并可以通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。