针对您提出的“挂证取酬钱是中介转过来的，跟公司没关系怎么弄”这一问题，我们需要从多个角度进行详细分析。
首先，要明确的是，“挂证取酬”这一行为本身可能涉及违规或违法。根据相关规定，专业技术人员如果未经组织批准，将个人资质证书挂靠到其他单位并获取报酬，这种行为很可能被认定为违反廉洁纪律或国家相关法律法规。特别是当这种行为用于企业资质达标、资质升级等目的时，更可能引发一系列廉政风险和市场秩序问题。
接下来，针对您提到的“钱是中介转过来的，跟公司没关系”这一点，我们需要明确：
资金来源不影响行为性质：无论资金是通过中介还是直接来自公司，只要您未实际执业而将证书挂靠并获取报酬，这一行为的本质并未改变。它仍然可能构成“挂证”取酬的违规行为。
中介的角色与责任：中介在此过程中可能起到了介绍、撮合的作用，但并不能改变您“挂证”取酬的事实。如果中介明知或应知您的行为违规而仍然提供帮助，那么中介也可能需要承担相应的法律责任。
公司是否知情与参与：即使公司声称对此不知情或未直接参与，但如果您的证书被用于公司资质达标等目的，且公司因此获得了利益，那么公司也可能在某种程度上涉及此问题。不过，这并不影响对您个人“挂证”取酬行为的认定。
针对这种情况，我建议您：
立即停止违规行为：如果您确实存在“挂证”取酬的情况，应立即停止这一行为，并尽快与挂靠单位解除挂靠关系。
主动说明情况：如果您所在单位或相关部门对此进行调查，您应主动说明情况，包括挂靠的经过、资金来源等，以配合调查工作。
承担相应责任：根据违规行为的性质和情节，您可能需要承担相应的纪律责任或法律责任。这可能包括警告、记过、降级、撤职等纪律处分，甚至可能面临法律诉讼和刑事处罚。
加强法律法规学习：为了避免类似情况再次发生，建议您加强相关法律法规的学习，了解并遵守国家关于兼职取酬、资质证书管理等方面的规定。
总之，“挂证”取酬是一种违规行为，无论资金来源如何，都不影响对其性质的认定。如果您存在这种情况，应立即停止并主动说明情况，以承担相应的责任并避免进一步的法律风险。