关于已经扣除的挂靠费法院是否支持退还，以及挂靠公司收到款项不给实际施工人的问题，需分情况讨论：

1. 挂靠费退还问题

   • 若挂靠协议无效：根据《民法典》及相关司法解释，若挂靠行为因违反法律、行政法规的强制性规定（如未取得相应施工资质）而被认定无效，则挂靠协议自始无效。在此情况下，因挂靠协议取得的财产应当予以返还。因此，若挂靠费已被扣除且挂靠协议无效，法院有可能支持退还挂靠费，但需考虑实际施工人是否已实际使用挂靠公司的资质、管理资源等，以及是否因此获得了利益，从而可能影响退还的具体金额。
   • 若挂靠协议有效：若挂靠协议本身并不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方已按照协议履行，则挂靠费作为双方约定的费用，一般不予退还。但若挂靠公司存在违约行为（如未按约定提供服务、管理不善等），实际施工人可依据协议约定或法律规定要求挂靠公司承担违约责任，包括赔偿损失等，但这并不直接等同于退还挂靠费。

2. 挂靠公司收到款项不给实际施工人的问题

   • 法律关系分析：实际施工人与挂靠公司之间通常存在挂靠关系，但实际施工人与发包人之间并不存在直接的合同关系。然而，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关规定，实际施工人可以突破合同相对性，向发包人主张工程款（在特定条件下）。同时，若挂靠公司收到发包人支付的工程款后未支付给实际施工人，则挂靠公司构成违约，实际施工人有权要求挂靠公司支付工程款及可能产生的利息、违约金等。
   • 维权途径：
     • 协商：实际施工人可首先与挂靠公司进行协商，要求其支付应得的工程款。
     • 诉讼或仲裁：若协商无果，实际施工人可依据与挂靠公司之间的挂靠协议（或相关证据）向法院提起诉讼或依据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，要求挂靠公司支付工程款及赔偿损失。
     • 申请财产保全：在诉讼或仲裁过程中，为防止挂靠公司转移财产，实际施工人可申请法院对挂靠公司的财产进行保全。

建议：

• 实际施工人在处理此类问题时，应首先收集并整理好与挂靠公司之间的挂靠协议、工程款支付凭证、沟通记录等相关证据。
• 鉴于建设工程合同纠纷的复杂性，建议实际施工人在维权前咨询专业律师，以制定合适的维权策略并降低风险。

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