被挂靠单位退还实际施工人的垫资款是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
合同约定：
- 如果挂靠单位与实际施工人之间的挂靠合同或相关协议中明确约定了垫资款的退还条件、方式和时间，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么被挂靠单位按照合同约定退还实际施工人的垫资款就是合法的。
实际施工完成且验收合格：
- 在实际施工人完成施工任务，且工程经过验收合格后，如果挂靠单位没有合理的理由继续扣留垫资款，那么实际施工人有权要求被挂靠单位退还垫资款。此时，被挂靠单位退还垫资款也是合法的。
挂靠单位违约或违法行为：
- 如果挂靠单位在挂靠过程中存在违约行为或违法行为，导致实际施工人遭受损失，实际施工人有权要求挂靠单位赔偿损失，包括退还垫资款。在这种情况下，被挂靠单位（如果其与挂靠单位有连带责任或需承担相应责任）退还垫资款也是合法的。
二、不合法情形
合同无效或未约定退还：
- 如果挂靠合同或相关协议无效，或者虽然有效但未约定垫资款的退还事项，且双方无法就退还事宜达成一致意见，那么被挂靠单位可能无义务退还垫资款。此时，如果实际施工人强行要求退还，可能不构成合法请求。
实际施工人违约：
- 如果实际施工人在施工过程中存在违约行为，如未按照合同约定完成施工任务、工程质量不达标等，挂靠单位有权根据合同约定扣除相应款项或要求实际施工人承担违约责任。在这种情况下，被挂靠单位可能无需退还全部或部分垫资款。
挂靠单位有合理理由扣留：
- 如果挂靠单位有合理理由认为需要扣留垫资款，如实际施工人存在未结清的债务、需要承担的维修费用等，且这些理由符合法律法规和合同约定，那么被挂靠单位扣留垫资款也是合法的。
三、法律建议
审查合同条款：
- 实际施工人在与挂靠单位签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于垫资款的退还事项，确保自己的权益得到保障。
保留证据：
- 在施工过程中，实际施工人应保留好相关证据，如施工记录、验收报告、付款凭证等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
及时沟通协商：
- 如果发生垫资款退还纠纷，实际施工人应及时与挂靠单位沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
寻求法律帮助：
- 如果实际施工人对法律问题不熟悉或无法自行解决纠纷，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的权益。
在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此无法给出一个绝对的答案。如果您遇到此类问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。