非法持有枪支弹药案一般由公安机关负责办理，具体流程和相关要点如下：
案件受理与侦查：
- 公安机关在接到关于非法持有枪支弹药的报案、控告、举报或自行发现犯罪线索后，会立即进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，会予以立案。
- 立案后，公安机关会展开侦查工作，包括收集证据、询问嫌疑人、勘验现场等，以查明案件事实。
案件移送与审查起诉：
- 侦查终结后，公安机关会将案件移送至人民检察院进行审查起诉。
- 人民检察院在审查过程中，会核实证据、讯问犯罪嫌疑人、听取辩护人意见等，以决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉。
审判阶段：
- 如果人民检察院决定提起公诉，案件将进入审判阶段，由人民法院进行审理。
- 在审判过程中，法院会依法组成合议庭，对案件进行公开审理（涉及国家秘密、个人隐私或未成年人犯罪的除外），并作出判决。
关于非法持有枪支弹药案的特殊情况说明：
- 管辖权问题：虽然一般情况下非法持有枪支弹药案由公安机关负责办理，但如果案件涉及特定地区、特定人员或特定情节，可能会由更高级别的公安机关或专门机关负责办理。例如，涉及跨地区的重大案件可能会由省级公安机关或公安部直接办理。
- 案件性质与情节：非法持有枪支弹药案的性质和情节也会影响案件的办理单位。如果案件涉及恐怖活动、黑社会性质组织犯罪等严重犯罪，可能会由更专业的侦查机关或联合侦查组负责办理。
法律建议：
- 如果您或您身边的人涉嫌非法持有枪支弹药，应立即向公安机关投案自首，并积极配合调查工作。
- 在案件办理过程中，您有权委托律师作为辩护人，为您或您身边的人提供法律帮助和辩护。
- 非法持有枪支弹药是严重的犯罪行为，不仅会对个人造成严重的法律后果，还会对社会安全构成威胁。因此，请务必遵守法律法规，不要非法持有、制造、买卖枪支弹药。
后续行动建议：
- 如果您对案件办理过程或法律后果有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解释和建议。
- 如果您需要委托律师作为辩护人，也可以向我咨询相关事宜，我会根据您的需求和案件情况为您推荐合适的律师或提供法律帮助。